Table 2 Alignment of polymorphic sites for 34 vicuna haplotyes obtained for 328 bp of control region sequences
From: Mitochondrial phylogeography and demographic history of the Vicuña: implications for conservation
Haplotype | 1 | 1 | 1 | 1 | 2 | 2 | 2 | 2 | 2 | 2 | Taxon | Population | N Total=261 | |||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
2 | 9 | 1 | 1 | 1 | 1 | 2 | 2 | 3 | 3 | 5 | 6 | 6 | 6 | 6 | 6 | 8 | 7 | 8 | 9 | 9 | 1 | 1 | 1 | 2 | 6 | 7 | ||||
3 | 5 | 6 | 9 | 8 | 9 | 1 | 8 | 9 | 0 | 4 | 7 | 8 | 9 | 4 | 4 | 1 | 1 | 5 | 1 | 7 | 8 | 9 | 3 | 0 | ||||||
V1 | T | A | C | G | G | A | T | T | A | C | T | T | T | A | G | C | A | T | C | G | T | C | G | T | T | C | T | m | PG | 1 |
V2 | · | · | · | A | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | A | · | · | · | · | m | PG, HC, CC, TO, LA | 14 |
V3 | · | · | · | A | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | m, v | PG, PI, CC, IG, TT, YA, VJ, TC, TP, CA, SS, PU, TO, LC, CT, PA, LL, CQ, AN, SR, TR, LA, CM | 118 |
V4 | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | C | · | A | · | T | · | · | C | · | · | m | PG, AY, YA, TO, LC, | 19 |
V5 | · | · | · | A | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | A | · | · | · | · | · | · | · | m | PG, IG, CA, SS, PU, TO, LC, AN | 14 |
V6 | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | A | · | T | · | · | C | · | · | m | PG, HC, AY, YA, TC, TO, LC, CT, | 35 |
V7 | · | · | · | A | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | A | · | · | · | · | C | · | · | m | PG, TO | 3 |
V8 | · | G | · | · | A | G | C | C | · | · | C | · | C | G | A | T | · | · | · | A | C | T | · | · | · | · | · | v | IN | 2 |
V9 | · | · | · | · | · | · | · | C | · | · | C | · | · | · | A | T | G | · | · | A | · | T | A | C | C | · | · | v | LL, CG, CM, IN | 6 |
V10 | · | · | · | · | · | · | · | C | · | · | C | · | · | · | A | T | G | · | · | A | · | · | A | C | C | · | · | m | LA | 2 |
V11 | · | · | · | · | · | · | · | C | · | · | C | · | · | · | A | T | G | · | · | A | · | T | A | C | · | · | · | m | SR, LA | 2 |
V12 | · | G | · | · | A | G | C | C | · | · | C | · | · | · | A | T | · | C | · | A | C | T | A | · | · | · | · | m | SR, LA | 2 |
V13 | · | · | · | A | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | C | · | · | m | CA, SR, LA | 4 |
V14 | · | G | · | · | A | G | C | C | · | · | C | · | · | · | A | T | · | C | · | A | C | T | A | · | · | T | · | m | LA | 1 |
V15 | · | G | · | · | A | G | C | C | · | · | C | · | C | G | A | T | · | C | · | A | C | T | · | · | C | · | · | v | SA | 1 |
V16 | · | · | · | A | · | · | · | · | G | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | A | · | · | · | · | m | CA | 1 |
V17 | A | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | A | · | T | · | · | C | · | · | m | CT | 1 |
V18 | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | A | · | · | · | · | C | · | · | m | PA | 2 |
V19 | · | · | · | A | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | A | C | · | · | · | m | HC, YA, VJ, CQ | 9 |
V20 | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | C | · | A | · | T | · | · | C | · | C | m | PG | 1 |
V21 | · | · | G | A | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | m | PG | 1 |
V22 | · | · | · | A | · | · | · | · | · | · | · | C | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | m | IG | 5 |
V23 | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | A | · | T | · | · | · | · | · | m | HC | 1 |
V24 | · | · | · | A | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | T | · | · | · | · | · | m | TP | 2 |
V25 | · | · | · | · | · | · | · | C | · | · | C | · | · | · | A | T | G | C | · | A | · | · | A | C | C | · | · | v | LL | 2 |
V26 | · | G | · | · | A | G | C | C | · | · | C | · | · | · | A | T | · | · | · | A | C | T | A | · | · | · | · | v | LL | 1 |
V27 | · | G | · | · | A | G | C | C | · | · | C | · | C | G | A | T | · | · | · | A | C | T | · | · | C | · | · | v | LL | 2 |
V28 | · | G | · | · | A | G | C | C | · | · | C | · | · | G | A | T | · | C | · | A | C | T | · | · | · | · | · | v | LL | 1 |
V29 | · | · | · | A | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | T | · | · | · | · | · | C | · | · | m | CQ | 4 |
V30 | · | · | · | · | · | · | · | C | · | · | C | · | · | · | A | T | · | · | · | A | · | T | A | C | C | · | · | v | TR, SJ | 2 |
V31 | · | G | · | · | A | G | C | C | · | · | C | · | C | G | A | T | · | · | · | A | · | T | · | · | · | · | · | v | CG | 1 |
V32 | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | C | · | · | · | A | T | G | · | · | A | · | · | A | C | · | · | · | v | CG | 1 |
V33 | · | · | · | A | · | · | · | · | · | T | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | v | CG | 1 |
V34 | · | G | · | · | A | G | C | C | · | · | C | · | C | G | A | T | · | · | · | A | · | T | · | · | C | · | · | v | SJ | 1 |
