Table 3 Molecular characteristics of HPV DNA+ L-SCC patients
Patient number | Tissue biopsy | HPV DNA | HPV16 DNA copies/cell | Final HPV DNA and VL | HPV RNA | p16 high | pRb low | CyD1 low | p53 low | HPV-driven L-SCC |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | FFPE1 | 16 | 6769 | 16 H | 16 | + | + | + | + | + |
FFPE2 | 16 | Invalid | ||||||||
DFT | 16 | 227 | ||||||||
2 | FFPE1 | 16 | 15 | 16 H | 16 | + | + | − | + | + |
FFPE2 | 16 | 18 | ||||||||
DFT | ||||||||||
3 | FFPE1 | Invalid | Invalid | 16 L | 16 | + | + | + | + | + |
FFPE2 | Invalid | Invalid | ||||||||
DFT | 16 | <0.001 | ||||||||
4 | FFPE1 | − | 16 L | − | − | + | − | + | − | |
FFPE2 | 16 | 0.07 | ||||||||
DFT | 16 | 0.004 | ||||||||
5 | FFPE1 | Invalid | 0 | 16 L | − | − | − | + | + | − |
FFPE2 | 16 | 0 | ||||||||
DFT | 16 | 0 | ||||||||
6 | FFPE1 | 16 | 0 | 16 L | − | NA | NA | NA | NA | − |
FFPE2 | Invalid | 0 | ||||||||
DFT | 16 | <0.001 | ||||||||
7 | FFPE1 | 16 | 0 | 16 L | − | − | + | − | + | − |
FFPE2 | Invalid | 0 | ||||||||
DFT | 16 | <0.001 | ||||||||
8 | FFPE1 | 16 | 0 | 16 L | − | − | − | + | + | − |
FFPE2 | − | |||||||||
DFT | − | |||||||||
9 | FFPE1 | − | 16 L | − | − | − | + | − | − | |
FFPE2 | 16 | 0 | ||||||||
DFT | − | |||||||||
10 | FFPE1 | 16 | 0 | 16 L | − | − | − | − | − | − |
FFPE2 | Invalid | 0 | ||||||||
DFT | − | |||||||||
11 | FFPE1 | Invalid | 0 | 16 L | − | − | − | + | − | − |
FFPE2 | − | |||||||||
DFT | 16 | <0.001 | ||||||||
12 | FFPE1 | − | 16 L | − | − | + | − | + | − | |
FFPE2 | − | |||||||||
DFT | 16 | 0 | ||||||||
13 | FFPE1 | − | 16 L | 16 | − | − | − | − | − | |
FFPE2 | − | |||||||||
DFT | 16 | 0 | ||||||||
14 | FFPE1 | − | 16 L | − | − | + | + | + | − | |
FFPE2 | − | |||||||||
DFT | 16 | 0 | ||||||||
15 | FFPE1 | – | 16 L | − | − | + | − | + | − | |
FFPE2 | – | |||||||||
DFT | 16 | <0.001 | ||||||||
16 | FFPE1 | 16 | NQ | 16 L | − | − | − | + | + | − |
FFPE2 | 16 | Invalid | ||||||||
DFT | ||||||||||
17 | FFPE1 | 16 | 0 | 16 L | − | − | − | − | + | − |
FFPE2 | – | |||||||||
DFT | ||||||||||
18 | FFPE1 | 16 | 0 | 16 L | − | − | − | − | + | − |
FFPE2 | – | |||||||||
DFT | ||||||||||
19 | FFPE1 | 16 | <0.001 | 16 L | − | − | − | + | + | − |
FFPE2 | 16 | 0 | ||||||||
DFT | ||||||||||
20 | FFPE1 | 16 | 0 | 16 L | − | − | − | − | − | − |
FFPE2 | – | |||||||||
DFT | ||||||||||
21 | FFPE1 | 16 | 0 | 16 L | − | − | + | + | + | − |
FFPE2 | – | |||||||||
DFT | ||||||||||
22 | FFPE1 | 16 | 0 | 16 L | − | NA | NA | NA | NA | − |
FFPE2 | – | |||||||||
DFT | ||||||||||
23 | FFPE1 | 16 45 | 0.20 | 16 L | 16 | NA | NA | NA | NA | − |
FFPE2 | 16 | 0 | ||||||||
DFT | ||||||||||
24 | FFPE1 | 16 33 | 0 | 16 L | − | − | + | + | − | − |
FFPE2 | – | |||||||||
DFT | ||||||||||
25 | FFPE1 | 16 | NQ | 16 L, 33 | − | − | − | − | − | − |
FFPE2 | 33 | |||||||||
DFT | ||||||||||
26 | FFPE1 | 45 | 45 | − | NA | NA | NA | NA | − | |
FFPE2 | – | |||||||||
DFT | ||||||||||
27 | FFPE1 | 56 | 56 | Invalid | − | + | − | + | − | |
FFPE2 | 56 | |||||||||
DFT | – | |||||||||
28 | FFPE1 | 56 | 56 | − | − | − | − | + | − | |
FFPE2 | – | |||||||||
DFT | – | |||||||||
29 | FFPE1 | 53 | 53 | − | − | − | − | − | − | |
FFPE2 | – | |||||||||
DFT | ||||||||||
30 | FFPE1 | 70 | 70 | 70 | − | − | − | + | − | |
FFPE2 | 70 | |||||||||
DFT | ||||||||||
31 | FFPE1 | 11 | 11 | − | + | − | − | + | − | |
FFPE2 | – | |||||||||
DFT | ||||||||||
32 | FFPE1 | 42 | 42 | Invalid | − | − | − | + | − | |
FFPE2 | Invalid | |||||||||
DFT | – |
