Tulio de OlivieraCrédit : Stefan Els
Lorsque la pandémie de COVID-19 a frappé au début de l'année 2020, le monde s'est préparé à faire face à une menace inconnue, avec la crainte que l'Afrique ait généralisée du mal à faire face à la crise. Au lieu de cela, le continent a mis en place une réponse scientifique solide, en tirant parti de l'expertise existante en matière de recherche sur les maladies infectieuses.
Tulio de Oliveira, génomicien sud-africain dont les travaux ont joué un rôle clé dans le suivi de l'évolution du virus, a été l'la maladie. un des pionniers de la lutte contre Cinq ans plus tard, en réfléchissant aux leçons et aux progrès réalisés, il affirme qu'il est évident que les contributions à la santé publique mondiale ont été substantielles et d'une grande portée.de l'Afrique
Fin 2020, au milieu d'une deuxième vague meurtrière en Afrique du Sud, M. De Oliveira et son équipe de la KwaZulu-Natal Research Innovation and Sequencing Platform (KRISP) ont identifié la variante désignée plus tard sous le nom de Beta, qui comportait des mutations augmentant la transmissibilité et réduisant potentiellement l'efficacité du vaccin.
Cette découverte a été rendue possible grâce à une infrastructure de surveillance génomique déjà solide, mise en place au fil des ans pour lutter contre le VIH et la tuberculose. M. De Oliveira se souvient d'avoir été informé par des médecins de la Cap-Orientalprovince du, où une augmentation inhabituelle du nombre de cas avait été observée.
En quelques jours, son équipe a séquencé le virus et confirmé la présence de mutations importantes. Conscient des implications mondiales, il a immédiatement demandé une réunion d'urgence avec l'Organisation mondiale de la santé (OMS), ce qui a conduit à la reconnaissance internationale de la variante Beta.
Malgré l'importance scientifique de la découverte, l'Afrique du Sud a dû faire face à une levée de boucliers internationale.
"Au lieu d'envoyer des vaccins et des diagnostics, les pays ont imposé des restrictions", se souvient M. De Oliveira. L'Australie, le Brésil, le Canada, l'Union européenne, l'Inde, le Japon, la Nouvelle-Zélande, l'Arabie saoudite, les Émirats arabes unis, le Royaume-Uni et les États-Unis ont imposé des interdictions ou des restrictions de voyage disproportionnées.
Le même scénario s'est déroulé un an plus tard, lorsque son équipe, désormais basée à la fois au KRISP et au Centre for Epidemic Response and Innovation (CERI) de l'université de Stellenbosch, a identifié Omicron. Cette fois, cependant, la détection a été encore plus rapide : son équipe a séquencé la variante et en a informé le monde entier dans les 72 heures.
Les réactions étaient attendues, mais M. De Oliveira reste fermement convaincu que la transparence est essentielle. "Nous connaissions les répercussions, mais nous savions aussi qu'un partage rapide des données était nécessaire pour contrôler le virus", explique-t-il. Grâce à cette approche, l'Afrique du Sud a pu se préparer à Omicron, avec un minimum de restrictions et des taux de mortalité inférieurs à ceux des vagues précédentes.
Au-delà des efforts nationaux, les travaux de M. De Oliveira ont catalysé une évolution de la position scientifique de l'Afrique. L'Afrique du Sud a été le deuxième pays au monde, après le Royaume-Uni, à lancer un national surveillance génomique programmededu SRAS-CoV-2. Grâce à des partenariats avec 42 pays africains, son équipe a coordonné des efforts de partage de données qui ont donné lieu à des publications révolutionnaires.1,2
"Nous avons instauré une culture de collaboration, et non de concurrence", explique-t-il. "Nous avons formé plus de 660 scientifiques africains à la surveillance génomique et à l'analyse des données. Il ne s'agissait pas seulement du COVID-19 ; il s'agissait de construire un avenir où l'Afrique serait à la pointe de la sécurité sanitaire mondiale".
La pandémie a servi de modèle pour la préparation aux futures épidémies. L'une des avancées les plus significatives, explique M. De Oliveira, a été le passage au partage de données en temps réel grâce à des plateformes telles que l'Initiative mondiale pour le partage des données sur la grippe (GISAID). Cela a permis aux scientifiques du monde entier de suivre l'évolution du virus et de mettre au point des diagnostics et des vaccins à un rythme sans précédent.
Mais il prévient que les acquis sont fragiles. "Il existe un risque réel de démantèlement des systèmes de surveillance génomique que nous avons mis en place. Il est essentiel de maintenir ces capacités, non seulement pour le COVID-19, mais aussi pour les menaces émergentes telles que le Mpox, le Marburg et les épidémies amplifiées par le climat".
Afin de soutenir ces progrès, M. De Oliveira et ses collègues ont lancé l'initiative CLIMADE ()Climate Amplified Diseases and Epidemics. Ce partenariat, qui couvre 40 pays africains, vise à prévoir et à atténuer les épidémies alimentées par le changement climatique.
L'unité de surveillance génomique (GSU) du Wellcome Sanger Institute s'est également associée au CERI, marquant ainsi une étape importante dans la collaboration équitable en matière de santé mondiale. Cette collaboration permettra d'étendre la recherche en génomique, de renforcer les programmes de formation et de faire en sorte que les découvertes profitent à toutes les régions du monde. "Ce partenariat n'est pas une question de dépendance", souligne M. De Oliveira. "Il s'agit d'échanges équitables, de tirer parti de l'expertise et de l'infrastructure de l'Afrique tout en collaborant avec des institutions mondiales. L'époque où les scientifiques africains étaient considérés comme de simples participants à la recherche mondiale est révolue. Nous sommes à l'avant-garde."
Des difficultés subsistent, notamment la montée du nationalisme vaccinal, la désinformation et les coupes budgétaires. M. De Oliveira s'est exprimé sur ces questions, affirmant dans le New York Times que les responsables de la santé mondiale pourraient s'inspirer de l''Afrique en approche coordonnée et communautaire de lmatière de surveillance des maladies.
"En Afrique, nous sommes confrontés à des pandémies depuis des décennies - VIH, Ebola et COVID-19. Nous savons que la confiance dans la science et l'communautés engagement des sont essentiels. Le monde devrait en prendre note.
Pour M. De Oliveira, les cinq dernières années ont été un témoignage de la résilience de la science africaine. Son équipe a été menacée de mort après les découvertes de Beta et d'Omicron, et la politique internationale a souvent compliqué son travail.
Pourtant, son engagement en faveur de la transparence scientifique et de l'innovation n'a jamais faibli. "Il ne s'agit pas de reconnaissance individuelle. Il s'agit de construire quelque chose de plus grand - une Afrique qui soit à la pointe de la science, qui protège sa population et qui contribue de manière significative à la santé mondiale", déclare-t-il.
