Heredity

Table 3 Prediction accuracy (r_MG) of all target traits evaluated under water-stressed conditions, when low-density SNPs were included in the prediction model

From: Genomic prediction in biparental tropical maize populations in water-stressed and well-watered environments using low-density and GBS SNPs

Population no.	Prediction accuracy in CV1						Prediction accuracy in CV2
	GY_SS		AD_SS		PH_SS		GY_SS		AD_SS		PH_SS
	G 1	G 1E	G 1	G 1E	G 1	G 1E	G 1	G 1E	G 1	G 1E	G 1	G 1E
1	0.23	0.16	0.29	0.30	0.37	0.38	0.34	0.32	0.34	0.34	0.56	0.58
2	0.14	0.23	0.31	0.31	—	—	0.00	−0.04	0.38	0.39	—	—
3	—	—	0.27	0.23	0.11	0.03	—	—	0.49	0.49	0.16	0.11
4	—	—	0.27	0.33	0.11	0.20	—	—	0.38	0.40	0.07	0.15
5	0.29	0.46	0.23	0.22	0.00	0.00	0.05	0.15	0.32	0.34	—	—
6	—	—	0.27	0.27	0.13	0.28	—	—	0.53	0.53	0.21	0.32
7	0.02	0.19	0.25	0.25	−0.05	0.02	0.14	0.24	0.39	0.38	0.19	0.21
8	0.13	0.01	0.23	0.20	0.02	0.01	0.26	0.29	0.37	0.37	0.24	0.25
9	0.37	0.41	0.05	0.03	0.20	0.30	0.38	0.45	0.11	0.09	0.28	0.34
10	0.41	0.58	0.24	0.22	0.48	0.67	0.26	0.48	0.40	0.37	0.42	0.69
11	1.00	1.10	0.38	0.40	0.50	0.50	0.52	0.95	0.43	0.44	0.36	0.39
12	0.69	0.92	0.51	0.51	0.51	0.50	0.41	0.72	0.50	0.55	0.42	0.43
13	0.17	0.36	0.07	0.02	0.38	0.38	0.16	0.39	0.07	0.06	0.41	0.43
14	−0.27	−0.16	−0.05	−0.03	0.11	0.06	0.18	0.09	0.02	0.03	0.10	0.02
15	0.01	0.06	0.31	0.27	0.33	−0.06	0.23	0.24	0.41	0.46	0.01	−0.15
16	—	—	0.33	0.35	0.41	0.45	—	—	0.40	0.45	0.47	0.50
17	0.10	0.23	0.34	0.36	0.38	0.39	0.20	0.30	0.46	0.48	0.51	0.53
18	0.29	0.51	0.46	0.51	0.52	0.53	0.32	0.55	0.53	0.56	0.56	0.57
19	0.10	0.16	0.31	0.31	0.42	0.46	0.30	0.33	0.46	0.45	0.42	0.46
Average	0.25	0.35	0.26	0.27	0.27	0.28	0.25	0.36	0.37	0.38	0.32	0.34

Abbreviations: CV, cross-validation scheme; SNP, single-nucleotide polymorphism.

Back to article page

Search

Advanced search

Quick links