Table 1 Tetrapeptide substrates for PDF activity assays

From: Structure and function of a cyanophage-encoded peptide deformylase

Protein

Tetrapeptide

Source

Number of occurrences

D1

Genbank:

 GI:310003945

fMLIS

Cyanophage S-SSM7

 

 GI:56686061

fMTSI

Synechococcus elongatus PCC 6301

 

 GI:56685134, GI:56685615

fMTTA

S. elongatus PCC 6301

 

Ribosomal proteins

 GI:56750900

fMAKK

S. elongatus PCC 6301

6

 GI:56751081

 

S. elongatus PCC 6301

 

 GI:78213979

 

S. sp. CC9605

 

 GI:78212121

 

S. sp. CC9605

 

 GI:78185723

 

S. sp. CC9902

 

 GI:78185359

 

S. sp. CC9902

 

 GI:56751466

fMSRV

S. elongatus PCC 6301

4

 GI:113953218

 

S. sp. CC9311

 

 GI:78212935

 

S. sp. CC9605

 

 GI:78184654

 

S. sp. CC9902

 

 GI:56751895

fMARI

S. elongatus PCC 6301

4

 GI:113953764

 

S. sp. CC9311

 

 GI:78211907

 

S. sp. CC9605

 

 GI:78185543

 

S. sp. CC9902

 
  1. Abbreviations: fM, formylmethionine; PDF, peptide deformylase.