Table 1 Classification of natural isolates according to clade, population and compatibility type, as well as prophage sequence conservation detected in a 150-kbp variable region correlating with CT groupings
Strain | Clade | Population | CT | Prophage 1 (reference genome’s locus tags) | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
MXAN_1862 | MXAN_1863 | MXAN_1864 | MXAN_1865 | MXAN_1866 | MXAN_1867 | MXAN_1868 | MXAN_1869 | MXAN_1870 | MXAN_1871 | MXAN_1872 | MXAN_1873 | ||||
DK1622 | REF | REF | REF | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 |
A00 | 1 | 7 | 11 | ||||||||||||
A32 | 1 | 7 | 11 | ||||||||||||
A46 | 1 | 7 | 11 | ||||||||||||
A49 | 1 | 7 | 11 | ||||||||||||
A60 | 1 | 7 | 11 | ||||||||||||
A92 | 1 | 6 | 11 | ||||||||||||
A39 | 1 | 6 | 10 | 1 | 1 | 1 | 1 | 2 | 1 | 2 | 3 | 3 | 1 | 1 | 1 |
A64 | 1 | 6 | 9 | 1 | 2 | ||||||||||
A58 | 1 | 6 | 8 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 2 | 2 | 1 | 1 | ||
A06 | 1 | 6 | 7 | 2 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 2 | 1 | 1 | 1 | ||
A07 | 1 | 5 | 6 | 1 | 1 | 1 | |||||||||
A26 | 1 | 5 | 6 | 1 | 1 | 1 | |||||||||
A31 | 5 | 4 | 5 | 1 | |||||||||||
A34 | 5 | 4 | 5 | 1 | |||||||||||
A56 | 5 | 4 | 5 | 1 | |||||||||||
A62 | 5 | 3 | 4 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 2 | 2 | 1 | 1 | 1 | |
A15 | 5 | 3 | 3 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 2 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 |
A72 | 5 | 3 | 2 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 2 | 1 | 1 | 1 | 1 | |
A30 | 5 | 2 | 2 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 2 | 1 | 1 | 1 | 1 | |
A44 | 5 | 2 | 2 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 2 | 1 | 1 | 1 | 1 | |
A51 | 5 | 1 | 1 | 1 | |||||||||||
A93 | 5 | 1 | 1 | 1 | |||||||||||
