Table 4 Performance of all the predictors on secondary-structure motifs on the test set TS1.

	Stem(F1^a)	Stem (PR)	Stem (SN)	Hairpin loop (F1^a)	Hairpin loop (PR)	Hairpin loop (SN)	Bulge (F1^a)	Bulge (PR)	Bulge (SN)	Internal loop (F1^a)	Internal loop (PR)	Internal loop (SN)	Multiloop (F1^a)	Multiloop (PR)	Multiloop (SN)
SPOT-RNA	0.762	0.841	0.697	0.686	0.625	0.761	0.369	0.508	0.289	0.266	0.239	0.300	0.562	0.503	0.638
mxfold	0.717	0.769	0.671	0.625	0.525	0.771	0.213	0.360	0.152	0.329	0.270	0.422	0.526	0.465	0.607
ContextFold	0.706	0.755	0.663	0.633	0.513	0.825	0.286	0.539	0.194	0.214	0.170	0.289	0.574	0.544	0.607
CONTRAfold	0.688	0.705	0.671	0.624	0.553	0.715	0.331	0.378	0.294	0.279	0.241	0.331	0.469	0.587	0.391
Knotty	0.670	0.739	0.613	0.600	0.493	0.766	0.295	0.421	0.227	0.279	0.238	0.338	0.549	0.649	0.476
IPknot	0.665	0.754	0.595	0.602	0.510	0.735	0.201	0.474	0.128	0.218	0.202	0.236	0.417	0.339	0.542
RNAfold	0.671	0.686	0.657	0.617	0.539	0.722	0.313	0.500	0.227	0.270	0.218	0.354	0.514	0.555	0.478
ProbKnot	0.625	0.661	0.592	0.571	0.480	0.704	0.276	0.377	0.218	0.209	0.187	0.236	0.481	0.492	0.470
CentroidFold	0.646	0.662	0.632	0.579	0.467	0.761	0.293	0.395	0.232	0.179	0.211	0.156	0.433	0.379	0.506
RNAstructure	0.646	0.665	0.629	0.596	0.508	0.720	0.300	0.440	0.227	0.238	0.204	0.285	0.478	0.546	0.424
RNAshapes	0.627	0.650	0.605	0.574	0.507	0.663	0.310	0.432	0.242	0.238	0.193	0.308	0.433	0.507	0.378
pkiss	0.618	0.684	0.565	0.532	0.449	0.655	0.253	0.457	0.175	0.229	0.183	0.304	0.406	0.494	0.344
CycleFold	0.496	0.431	0.584	0.437	0.564	0.357	0.277	0.333	0.237	0.000	0.000	0.000	0.367	0.374	0.360

Quick links

Search