Table 1 The benchmark results on PCQM4MV2

MLP-Fingerprint¹⁵

16.1M

-

0.1735

0.1760

GCN³³

2.0M

-

0.1379

0.1398

GIN³⁴

3.8M

-

0.1195

0.1218

GINE-_{V N}^3,9,35

13.2M

-

0.1167

-

GCN-_{V N}^9,33

4.9M

-

0.1153

0.1152

GIN-_{V N}^9,34

6.7M

-

0.1083

0.1084

DeeperGCN-_{V N}^3,36

25.5M

12

0.1021

-

GraphGPS_SMALL³⁷

6.2M

5

0.0938

-

TokenGT¹¹

48.5M

12

0.0910

0.0919

GRPE_BASE¹²

46.2M

12

0.0890

-

EGT¹³

89.3M

24

0.0869

0.0872

GRPE_LARGE¹³

46.2M

18

0.0867

0.0876

Graphormer^4,5

47.1M

12

0.0864

-

GraphGPS_BASE³⁷

19.4M

10

0.0858

-

GraphGPS_DEEP³⁷

13.8M

16

0.0852

0.0862

GEM-2³⁸

32.1M

12

0.0793

0.0806

GPS++³⁹

44.3M

16

0.0778

0.0720²

Transformer-M³

47.1M

12

0.0787

-

69M

18

0.0772

0.0782

Uni-Mol+

27.7M

6

0.0714   ± 6e − 5

-

52.4M

12

0.0696   ±  5e − 5

0.0708

77M

18

0.0693  ±  3e − 5

0.0705