Table 3 Summary results for statistically nominal and significant associations between SNPs and lipids.

From: Genetic contribution to lipid levels in early life based on 158 loci validated in adults: the FAMILY study

Gene

SNP

Birth (N = 456)

3y (N = 421)

5y (N = 361)

Mixed Model Age Adjusted

Beta

SE

p-value

Beta

SE

p-value

Beta

SE

p-value

Beta

SE

p-value

LDL

ANGPTL3

rs2131925

0.020

0.025

4.30 × 10−1

0.043

0.021

4.31 × 10 −2

0.041

0.023

8.36 × 10−2

0.029

0.018

1.01 × 10−1

LDLRAP1

rs12027135

−0.017

0.022

4.45 × 10−1

0.011

0.019

5.45 × 10−1

0.046

0.021

2.74 × 10 −2

0.009

0.016

5.70 × 10−1

ABCG5

rs6756629

−0.017

0.049

7.34 × 10−1

0.102

0.041

1.32 × 10 −2

0.113

0.044

1.01 × 10 −2

0.073

0.034

2.94 × 10−2

CMTM6

rs7640978

0.030

0.043

4.89 × 10−1

0.022

0.037

5.61 × 10−1

0.083

0.040

3.98 × 10 −2

0.050

0.030

9.72 × 10−2

DOK7

rs6831256

0.037

0.024

1.15 × 10−1

0.061

0.019

1.62 × 10 −3

0.035

0.021

1.04 × 10−1

0.030

0.016

6.96 × 10−2

HMGCR

rs12916

0.022

0.024

3.59 × 10−1

−0.045

0.019

1.80 × 10 −2

0.018

0.021

3.92 × 10−1

0.009

0.016

5.90 × 10−1

TIMD4

rs6882076

0.002

0.024

9.26 × 10−1

0.049

0.020

1.22 × 10 −2

0.057

0.021

8.29 × 10−3

0.028

0.016

8.66 × 10−2

FRK

rs3798236

−0.040

0.025

1.14 × 10−1

−0.065

0.020

1.30 × 10 −3

0.013

0.022

5.52 × 10−1

−0.013

0.018

4.60 × 10−1

MYLIP/GMPR

rs2327951

0.000

0.027

9.93 × 10−1

0.061

0.022

6.47 × 10 −3

0.051

0.025

3.79 × 10−2

0.026

0.019

1.66 × 10−1

ABO

rs635634

−0.018

0.030

5.39 × 10−1

0.053

0.025

3.52 × 10 −2

0.062

0.026

1.97 × 10−2

0.017

0.020

4.16 × 10−1

BUD13

rs12292921

−0.048

0.051

3.44 × 10−1

−0.095

0.043

2.72 × 10 −2

−0.077

0.048

1.09 × 10−1

−0.078

0.035

2.75 × 10 −2

HNF1A

rs1169288

0.011

0.026

6.74 × 10−1

−0.041

0.020

3.88 × 10 −2

−0.008

0.021

7.12 × 10−1

0.005

0.018

7.79 × 10−1

NYNRIN

rs8017377

−0.029

0.023

2.12 × 10−1

0.048

0.019

1.22 × 10 −2

0.042

0.020

3.89 × 10−2

0.006

0.016

7.08 × 10−1

DLG4

rs314253

0.003

0.026

8.91 × 10−1

0.054

0.021

1.05 × 10 −2

0.032

0.023

1.73 × 10−1

0.030

0.018

9.21 × 10−2

C17orf157

rs12452315

0.055

0.023

1.85 × 10−2

0.010

0.020

6.14 × 10−1

0.027

0.022

2.18 × 10−1

0.034

0.016

3.59 × 10 −2

CILP2

rs10401969

0.030

0.048

5.26 × 10−1

0.088

0.038

2.11 × 10 −2

0.045

0.045

3.18 × 10−1

0.049

0.033

1.36 × 10−1

LDLR

rs6511720

0.052

0.035

1.42 × 10−1

0.044

0.029

1.31 × 10−1

0.063

0.032

5.50 × 10−2

0.057

0.024

1.80 × 10 −2

TOMM40/APOE/APOC1

rs157580

0.076

0.024

1.54 × 10 −3

0.031

0.020

1.31 × 10−1

0.008

0.022

7.10 × 10−1

0.039

0.017

1.86 × 10 −2

MAFB

rs2902940

0.023

0.025

3.76 × 10−1

0.066

0.020

7.63 × 10 −4

0.025

0.021

2.45 × 10−1

0.021

0.017

2.33 × 10−1

SPTLC3

rs364585

−0.001

0.025

9.73 × 10−1

0.045

0.021

2.87 × 10 −2

0.024

0.023

2.87 × 10−1

0.023

0.017

1.73 × 10−1

GS

GS

0.007

0.004

7.09 × 10−2

0.019

0.003

2.40 × 10 −9

0.020

0.003

2.56 × 10−9

0.013

0.003

2.82 × 10 −7

TOTAL CHOLESTEROL

EVI5

rs6603981

−0.043

0.019

2.74 × 10 −2

0.008

0.015

6.02 × 10−1

0.013

0.016

4.06 × 10−1

−0.021

0.013

1.18 × 10−1

PCSK9

rs2479409

0.023

0.016

1.56 × 10−1

0.027

0.013

3.55 × 10 −2

0.005

0.013

6.78 × 10−1

0.013

0.011

2.19 × 10−1

ABCG5

rs6756629

0.010

0.032

7.41 × 10−1

0.059

0.026

2.57 × 10 −2

0.059

0.026

2.32 × 10 −2

0.048

0.022

2.74 × 10 −2

ABCG8

rs6544713

0.011

0.018

5.31 × 10−1

−0.034

0.014

1.15 × 10 −2

−0.001

0.013

9.49 × 10−1

0.005

0.012

6.99 × 10−1

GCKR

rs1260326

−0.010

0.016

5.22 × 10−1

−0.028

0.012

2.23 × 10 −2

0.005

0.013

7.13 × 10−1

−0.001

0.011

9.55 × 10−1

RAB3GAP1

rs7570971

0.003

0.016

8.41 × 10−1

0.037

0.013

4.73 × 10 −3

0.023

0.013

6.64 × 10−2

0.010

0.011

3.59 × 10−1

DOK7

rs6831256

0.000

0.015

9.82 × 10−1

0.042

0.012

6.42 × 10 −4

0.033

0.012

8.36 × 10 −3

0.011

0.011

2.82 × 10−1

HMGCR

rs12916

0.024

0.016

1.30 × 10−1

−0.036

0.012

2.73 × 10 −3

−0.004

0.012

7.21 × 10−1

0.004

0.011

6.81 × 10−1

TIMD4

rs6882076

−0.012

0.015

4.53 × 10−1

0.031

0.012

1.34 × 10 −2

0.028

0.013

2.89 × 10−2

0.009

0.010

3.72 × 10−1

FRK

rs3798236

−0.016

0.017

3.44 × 10−1

−0.038

0.013

3.59 × 10 −3

0.002

0.013

8.66 × 10−1

−0.001

0.011

9.25 × 10−1

HLA

rs3177928

0.003

0.022

8.75 × 10−1

0.051

0.018

4.27 × 10 −3

0.006

0.018

7.51 × 10−1

0.013

0.015

3.93 × 10−1

LPA

rs1564348

−0.049

0.021

1.72 × 10 −2

0.023

0.017

1.78 × 10−1

0.014

0.017

4.15 × 10−1

−0.018

0.014

2.04 × 10−1

MIR148A

rs4722551

−0.076

0.021

2.50 × 10 −4

0.031

0.017

6.92 × 10−2

0.024

0.017

1.72 × 10−1

−0.024

0.014

9.35 × 10−2

NAT2

rs4921914

−0.037

0.018

4.37 × 10 −2

−0.030

0.015

3.94 × 10−2

−0.021

0.015

1.54 × 10−1

−0.023

0.012

6.94 × 10−2

ABCA1

rs1883025

0.034

0.017

4.45 × 10 −2

0.016

0.014

2.31 × 10−1

0.002

0.014

8.68 × 10−1

0.015

0.012

2.07 × 10−1

ABO

rs635634

−0.003

0.019

8.60 × 10−1

0.036

0.016

2.54 × 10 −2

0.043

0.015

5.85 × 10 −3

0.014

0.013

2.98 × 10−1

TTC39B

rs581080

−0.002

0.019

9.06 × 10−1

0.039

0.016

1.20 × 10 −2

0.024

0.016

1.24 × 10−1

0.007

0.013

5.75 × 10−1

BUD13

rs12292921

−0.050

0.033

1.30 × 10−1

−0.046

0.027

9.08 × 10−2

−0.054

0.028

5.79 × 10−2

−0.052

0.023

2.29 × 10 −2

HNF1A

rs1169288

−0.015

0.017

3.84 × 10−1

−0.026

0.013

4.36 × 10 −2

−0.017

0.013

1.79 × 10−1

−0.005

0.011

6.70 × 10−1

DLG4

rs314253

−0.016

0.017

3.38 × 10−1

0.036

0.013

8.47 × 10 −3

0.021

0.014

1.28 × 10−1

0.012

0.011

2.73 × 10−1

C17orf157

rs12452315

0.045

0.015

2.99 × 10 −3

0.007

0.013

6.05 × 10−1

0.015

0.013

2.48 × 10−1

0.026

0.010

1.41 × 10 −2

LIPG

rs7240405

0.000

0.021

9.95 × 10−1

0.044

0.018

1.44 × 10 −2

0.020

0.018

2.60 × 10−1

0.008

0.015

5.98 × 10−1

FUT2

rs492602

0.005

0.016

7.62 × 10−1

0.025

0.013

5.51 × 10−2

0.028

0.013

2.73 × 10 −2

0.014

0.011

1.82 × 10−1

LDLR

rs6511720

0.026

0.023

2.66 × 10−1

0.033

0.019

7.54 × 10−2

0.028

0.019

1.40 × 10−1

0.035

0.016

2.60 × 10 −2

TOMM40/APOE/APOC1

rs2075650

0.019

0.021

3.52 × 10−1

0.073

0.017

2.13 × 10 −5

0.058

0.016

5.50 × 10 −4

0.042

0.014

3.29 × 10 −3

FER1LA

rs2277862

0.043

0.022

5.18 × 10−2

0.049

0.018

5.72 × 10 −3

0.047

0.017

7.30 × 10 −3

0.031

0.015

4.28 × 10 −2

TOP1

rs6065311

−0.007

0.016

6.42 × 10−1

−0.007

0.013

5.90 × 10−1

−0.026

0.013

4.59 × 10 −2

−0.012

0.011

2.87 × 10−1

GS

GS

−0.001

0.002

7.31 × 10−1

0.009

0.002

7.27 × 10 −7

0.009

0.002

4.07 × 10 −6

0.004

0.002

3.78 × 10 −3

HDL

ZNF648

rs1689800

0.013

0.022

5.63 × 10−1

−0.045

0.016

6.27 × 10 −3

−0.001

0.019

9.70 × 10−1

0.001

0.014

9.54 × 10−1

APOB

rs1042034

0.028

0.026

2.85 × 10−1

0.042

0.021

4.04 × 10 −2

0.039

0.023

9.01 × 10−2

0.026

0.017

1.22 × 10−1

ATG7

rs2606736

−0.045

0.022

4.30 × 10 −2

0.000

0.017

9.98 × 10−1

0.006

0.019

7.61 × 10−1

−0.031

0.014

2.45 × 10 −2

FAM13A

rs3822072

−0.018

0.021

3.88 × 10−1

0.033

0.015

2.73 × 10 −2

0.011

0.017

5.28 × 10−1

−0.006

0.013

6.61 × 10−1

ARL15

rs6450176

0.025

0.024

2.86 × 10−1

−0.044

0.018

1.32 × 10 −2

−0.027

0.020

1.78 × 10−1

−0.002

0.015

8.92 × 10−1

RSPO3

rs1936800

0.032

0.022

1.43 × 10−1

−0.033

0.015

3.25 × 10 −2

-0.017

0.017

3.20 × 10−1

0.015

0.013

2.48 × 10−1

VEGFA

rs998584

0.025

0.021

2.26 × 10−1

−0.012

0.016

4.46 × 10−1

0.025

0.018

1.70 × 10−1

0.027

0.013

3.95 × 10 −2

DAGLB

rs702485

0.010

0.022

6.51 × 10−1

0.020

0.017

2.43 × 10−1

0.042

0.019

3.19 × 10 −2

0.025

0.014

7.54 × 10−2

IKZF1

rs4917014

0.031

0.023

1.76 × 10−1

−0.039

0.017

2.14 × 10 −2

−0.035

0.019

6.56 × 10−2

0.016

0.014

2.56 × 10−1

KLF14

rs4731702

0.009

0.021

6.62 × 10−1

0.031

0.016

4.68 × 10 −2

0.010

0.017

5.83 × 10−1

0.003

0.013

8.44 × 10−1

TRIB1

rs2954029

0.035

0.023

1.25 × 10−1

0.036

0.017

3.32 × 10 −2

0.022

0.019

2.45 × 10−1

0.013

0.014

3.48 × 10−1

TRPS1

rs2293889

0.019

0.021

3.70 × 10−1

0.038

0.015

1.29 × 10 −2

0.017

0.017

3.13 × 10−1

0.009

0.013

5.01 × 10−1

ABCA1

rs1883025

0.048

0.024

4.52 × 10 −2

0.052

0.018

3.20 × 10 −3

0.046

0.020

2.02 × 10 −2

0.038

0.015

8.27 × 10 −3

TTC39B

rs581080

−0.001

0.027

9.63 × 10−1

0.045

0.020

2.51 × 10 −2

0.015

0.023

4.97 × 10−1

0.008

0.017

6.18 × 10−1

AMPD3

rs2923084

−0.035

0.027

1.98 × 10−1

0.043

0.020

3.78 × 10 −2

0.114

0.024

1.89 × 10 −6

0.015

0.017

3.69 × 10−1

FADS1-2-3

rs174546

−0.012

0.022

5.99 × 10−1

0.049

0.017

3.44 × 10 −3

0.026

0.019

1.69 × 10−1

0.017

0.014

2.04 × 10−1

LRP4

rs3136441

0.003

0.031

9.12 × 10−1

−0.048

0.023

3.71 × 10 −2

−0.044

0.027

9.86 × 10−2

−0.001

0.020

9.40 × 10−1

MADD/FOLH1

rs7395662

0.010

0.022

6.52 × 10−1

0.051

0.016

1.87 × 10 −3

0.041

0.019

3.01 × 10 −2

0.021

0.014

1.29 × 10−1

MOGAT2

rs499974

−0.042

0.029

1.49 × 10−1

−0.042

0.023

6.13 × 10−2

−0.052

0.026

4.87 × 10 −2

−0.032

0.018

8.12 × 10−2

PCNXL3

rs12801636

−0.028

0.026

2.84 × 10−1

−0.036

0.019

6.93 × 10−2

−0.053

0.022

1.73 × 10 −2

−0.027

0.016

1.02 × 10−1

LRP1

rs11613352

−0.069

0.025

5.91 × 10 −3

0.002

0.019

9.06 × 10−1

0.009

0.021

6.54 × 10−1

−0.029

0.015

6.01 × 10−2

MMAB/MVK

rs7298565

0.065

0.020

1.48 × 10 −3

−0.015

0.015

3.13 × 10−1

−0.011

0.017

5.04 × 10−1

0.026

0.013

4.10 × 10 −2

SCARB1

rs838880

0.018

0.023

4.50 × 10−1

0.008

0.018

6.32 × 10−1

0.020

0.020

2.99 × 10−1

0.024

0.014

8.93 × 10 −2

LIPC

rs1077834

0.058

0.025

2.34 × 10 −2

0.072

0.019

2.32 × 10 −4

0.029

0.023

2.07 × 10−1

0.045

0.016

4.99 × 10 −3

CETP

rs3764261

0.047

0.023

4.12 × 10 −2

0.055

0.017

1.65 × 10 −3

0.068

0.020

7.62 × 10 −4

0.064

0.014

7.11 × 10 −6

CMIP

rs2925979

0.019

0.024

4.33 × 10−1

−0.062

0.018

5.31 × 10 −4

−0.032

0.020

1.14 × 10−1

−0.012

0.015

4.36 × 10−1

LCAT

rs16942887

0.015

0.031

6.32 × 10−1

0.048

0.024

4.55 × 10 −2

0.020

0.028

4.81 × 10−1

0.017

0.020

3.84 × 10−1

ABCA8

rs4148008

−0.035

0.022

1.12 × 10−1

−0.047

0.017

5.73 × 10 −3

−0.035

0.019

6.83 × 10−2

−0.039

0.014

4.64 × 10 −3

PGS1

rs4129767

0.064

0.022

3.54 × 10 −3

−0.036

0.016

2.61 × 10 −2

−0.027

0.018

1.32 × 10−1

0.021

0.013

1.26 × 10−1

PLTP

rs6065906

0.001

0.027

9.67 × 10−1

0.054

0.021

8.98 × 10 −3

0.053

0.023

2.39 × 10 −2

0.017

0.017

3.09 × 10−1

GS

GS

0.006

0.003

2.15 × 10 −2

0.003

0.002

1.59 × 10−1

0.004

0.002

1.26 × 10−1

0.005

0.002

3.27 × 10 −3

TRIGLYCERIDES

APOB

rs1042034

−0.025

0.044

5.73 × 10−1

0.069

0.033

3.72 × 10 −2

0.000

0.038

9.95 × 10−1

0.011

0.026

6.79 × 10−1

GCKR

rs1260326

0.056

0.036

1.28 × 10−1

0.098

0.025

8.72 × 10 −5

0.025

0.030

3.98 × 10−1

0.047

0.021

2.61 × 10 −2

IRS1

rs2972146

−0.086

0.039

2.92 × 10 −2

−0.010

0.029

7.41 × 10−1

−0.020

0.034

5.56 × 10−1

−0.037

0.023

1.10 × 10−1

MSL2L1

rs645040

−0.003

0.041

9.48 × 10−1

0.079

0.030

9.26 × 10 −3

−0.021

0.036

5.70 × 10−1

0.010

0.024

6.90 × 10−1

MAP3K1

rs9686661

0.004

0.043

9.26 × 10−1

0.090

0.031

3.31 × 10 −3

0.045

0.037

2.23 × 10−1

0.029

0.025

2.40 × 10−1

MLXIPL

rs17145738

−0.011

0.056

8.49 × 10−1

0.082

0.039

3.79 × 10 −2

−0.084

0.046

6.83 × 10−2

−0.029

0.033

3.72 × 10−1

TRIB1

rs2954029

0.037

0.038

3.30 × 10−1

0.074

0.027

5.94 × 10 −3

−0.025

0.031

4.23 × 10−1

0.015

0.022

4.92 × 10−1

BUD13

rs12292921

0.129

0.076

9.07 × 10−2

−0.057

0.056

3.17 × 10−1

−0.145

0.067

3.16 × 10 −2

−0.019

0.045

6.80 ×  × 10−1

FADS1-2-3

rs174546

−0.032

0.036

3.77 × 10−1

0.077

0.027

4.02 × 10 −3

0.054

0.032

8.98 × 10−2

0.016

0.021

4.50 × 10−1

LRP1

rs11613352

−0.043

0.041

2.99 × 10−1

0.009

0.030

7.58 × 10−1

0.079

0.035

2.39 × 10 −2

0.005

0.024

8.36 × 10−1

ZNF664

rs11057408

−0.066

0.038

8.33 × 10−2

−0.062

0.027

2.34 × 10 −2

−0.020

0.032

5.24 × 10−1

−0.033

0.022

1.32 × 10−1

APOC2/APOCL/APOE

rs439401

−0.043

0.036

2.34 × 10−1

−0.017

0.025

4.96 × 10−1

0.076

0.029

8.92 × 10 −3

0.016

0.021

4.37 × 10−1

CILP2

rs10401969

−0.090

0.072

2.09 × 10−1

0.146

0.050

3.40 × 10−3

0.199

0.063

1.64 × 10 −3

0.047

0.041

2.52 × 10−1

INSR

rs7248104

0.028

0.036

4.44 × 10−1

0.017

0.025

4.98 × 10−1

0.072

0.029

1.39 × 10 −2

0.057

0.021

6.65 × 10 −3

PLTP

rs6065906

0.016

0.045

7.16 × 10−1

0.069

0.033

3.91 × 10 −2

0.053

0.039

1.72 × 10−1

0.022

0.027

4.11 × 10−1

GS

GS

0.000

0.007

9.86 × 10−1

0.010

0.005

4.37 × 10 −2

0.014

0.006

1.06 × 10 −2

0.008

0.004

3.08 × 10 −2

  1. Beta and SE at birth, 3 year and 5 year are natural logarithm of the lipid level trait in mg/dl. The unit of beta and SE after linear mixed model is natural logarithm of the lipid level trait in mg/dl per year.
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