Table 2 Overall performance of stability calculators for SOD1 mutants in relation to patient’s data (Correlation coefficient, R value).
Methods | Â | 2C9V | 1HL4 | 2XJK | 4BCZ | Average |
---|---|---|---|---|---|---|
CUPSAT | t (o) | 0.22 | 0.17 | 0.21 | 0.04 | 0.16 |
t (s) | 0.05 | 0.01 | 0.06 | 0.27 | 0.1 | |
t (d) | 0.18 | 0.07 | 0.23 | 0.13 | 0.15 | |
I-Mutant 2.0 | t (o) | 0.27 | 0.26 | 0.24 | 0.11 | 0.22 |
t (s) | 0.33 | 0.30 | 0.25 | 0.05 | 0.23 | |
t (d) | 0.38 | 0.35 | 0.3 | 0.01 | 0.26 | |
I-Mutant 3.0 | t (o) | 0.44 | 0.43 | 0.35 | 0.30 | 0.38 |
t (s) | 0.16 | 0.17 | 0.14 | 0.04 | 0.13 | |
t (d) | 0.40 | 0.40 | 0.32 | 0.2 | 0.33 | |
PoPMuSiC 3.1 | t (o) | 0.18 | 0.24 | 0.03 | 0.14 | 0.15 |
t (s) | 0.22 | 0.20 | 0.02 | 0.03 | 0.12 | |
t (d) | 0.29 | 0.31 | 0.23 | 0.14 | 0.24 | |
ENCoM | t (o) | 0.24 | 0.31 | 0.09 | 0.15 | 0.2 |
t (s) | 0.17 | 0.19 | 0.14 | 0.31 | 0.2 | |
t (d) | 0.30 | 0.36 | 0.47 | 0.08 | 0.3 | |
FoldX | t (o) | 0.46 | 0.44 | 0.40 | 0.28 | 0.4 |
t (s) | 0.12 | 0.09 | 0.11 | 0.31 | 0.16 | |
t (d) | 0.25 | 0.25 | 0.20 | 0.03 | 0.18 | |
BeatMusic | t (o) | 0.14 | 0.11 | Â | 0.03 | 0.09 |
t (s) | 0.16 | 0.13 | Â | 0.03 | 0.1 | |
t (d) | 0.23 | 0.18 | Â | 0.04 | 0.15 | |
mCSM | t (o) | 0.24 | 0.32 | 0.26 | 0.21 | 0.26 |
t (s) | 0.006 | 0.03 | 0.03 | 0.02 | 0.02 | |
t (d) | 0.19 | 0.23 | 0.20 | 0.04 | 0.16 |