Table 2 Overall performance of stability calculators for SOD1 mutants in relation to patient’s data (Correlation coefficient, R value).

From: Computing disease-linked SOD1 mutations: deciphering protein stability and patient-phenotype relations

Methods

 

2C9V

1HL4

2XJK

4BCZ

Average

CUPSAT

t (o)

0.22

0.17

0.21

0.04

0.16

t (s)

0.05

0.01

0.06

0.27

0.1

t (d)

0.18

0.07

0.23

0.13

0.15

I-Mutant 2.0

t (o)

0.27

0.26

0.24

0.11

0.22

t (s)

0.33

0.30

0.25

0.05

0.23

t (d)

0.38

0.35

0.3

0.01

0.26

I-Mutant 3.0

t (o)

0.44

0.43

0.35

0.30

0.38

t (s)

0.16

0.17

0.14

0.04

0.13

t (d)

0.40

0.40

0.32

0.2

0.33

PoPMuSiC 3.1

t (o)

0.18

0.24

0.03

0.14

0.15

t (s)

0.22

0.20

0.02

0.03

0.12

t (d)

0.29

0.31

0.23

0.14

0.24

ENCoM

t (o)

0.24

0.31

0.09

0.15

0.2

t (s)

0.17

0.19

0.14

0.31

0.2

t (d)

0.30

0.36

0.47

0.08

0.3

FoldX

t (o)

0.46

0.44

0.40

0.28

0.4

t (s)

0.12

0.09

0.11

0.31

0.16

t (d)

0.25

0.25

0.20

0.03

0.18

BeatMusic

t (o)

0.14

0.11

 

0.03

0.09

t (s)

0.16

0.13

 

0.03

0.1

t (d)

0.23

0.18

 

0.04

0.15

mCSM

t (o)

0.24

0.32

0.26

0.21

0.26

t (s)

0.006

0.03

0.03

0.02

0.02

t (d)

0.19

0.23

0.20

0.04

0.16