Table 3 Ka/Ks analysis and estimated selective pressure for orthologous gene pairs between P. equestris and D. officinale.

From: Mining MYB transcription factors from the genomes of orchids (Phalaenopsis and Dendrobium) and characterization of an orchid R2R3-MYB gene involved in water-soluble polysaccharide biosynthesis

Paralogous gene pairs

Ka

Ks

Ka/Ks

P-Value (Fisher)

D. officinale

P. equestris

DoMYBR22

PeMYBR29

0.252639

0.226031

1.11772

0.359576

DoMYBR01

PeMYBR11

0.229767

0.264664

0.868147

4.37E-01

DoMYB30

PeMYBCDC

0.540245

0.678633

0.796079

3.34E-01

DoMYB113

PeMYB24

0.281005

0.395265

0.710927

9.42E-02

DoMYBR35

PeMYBR22

0.174475

0.302301

0.577156

1.47E-01

DoMYBR02

PeMYBR06

0.187853

0.333361

0.563513

1.95E-05

DoMYBR28

PeMYBR37

0.288114

0.517813

0.556406

0.002783

DoMYBR30

PeMYBR33

0.587592

1.18628

0.495324

2.48E-05

DoMYBR33

PeMYBR08

0.14577

0.324747

0.448873

4.66E-08

DoMYB50

PeMYB108

0.1481

0.330785

0.447722

8.97E-07

DoMYB94

PeMYB73

0.181577

0.411152

0.441631

0.001206

DoMYB35

PeMYB102

0.129134

0.294916

0.437867

0.000129

DoMYB27

PeMYB80

0.135674

0.311095

0.436116

3.87E-05

DoMYB727

PeMYB23

0.268111

0.652068

0.41117

5.06E-09

DoMYB22

PeMYB40

0.195574

0.487158

0.401458

1.66E-05

DoMYBR25

PeMYBR32

0.174571

0.461248

0.378476

4.33E-08

DoMYB20

PeMYB63

0.216538

0.5768

0.375412

9.05E-06

DoMYB106

PeMYB29

0.124663

0.350774

0.355394

3.95E-09

DoMYBR13

PeMYBR36

0.160839

0.461041

0.34886

8.74E-08

DoMYB65

PeMYB11

0.127844

0.376824

0.339266

1.8E-10

DoMYBR14

PeMYBR30

0.148252

0.460324

0.322059

1.47E-18

DoMYB02

PeMYB26

0.139964

0.434743

0.321947

2.6E-07

DoMYB46

PeMYB14

0.143144

0.445163

0.321555

3.64E-09

DoMYB87

PeMYB28

0.172107

0.540112

0.31865

6.7E-10

DoMYB3R1

PeMYB3R1

0.115854

0.367231

0.31548

4.86E-14

DoMYB63

PeMYB61

0.1622

0.485588

0.30112

7.53E-11

DoMYB97

PeMYB67

0.122021

0.419452

0.290905

4.14E-09

DoMYBR32

PeMYBR10

0.07528

0.263304

0.285905

3.16E-08

DoMYBR20

PeMYBR16

0.078868

0.286058

0.275706

6.34E-11

DoMYB95

PeMYB66

0.099102

0.362533

0.273361

2.15E-08

DoMYB52

PeMYB32

0.156645

0.578849

0.270614

4.84E-12

DoMYB36

PeMYB48

0.123647

0.465682

0.265519

1.93E-07

DoMYBR15

PeMYBR21

0.237202

0.901119

0.263231

0.003537

DoMYB06

PeMYB91

0.131802

0.517651

0.254616

1.24E-10

DoMYBR19

PeMYBR35

0.077925

0.310476

0.250985

2.15E-10

DoMYB09

PeMYB81

0.100041

0.398857

0.250819

8.1E-10

DoMYBR09

PeMYBR12

0.098051

0.392184

0.250012

1.16E-12

DoMYB77

PeMYB34

0.099167

0.399335

0.248331

4.09E-09

DoMYBR40

PeMYBR01

0.125086

0.51066

0.24495

4.89E-06

DoMYB91

PeMYB41

0.079636

0.333581

0.238729

2.76E-08

DoMYB38

PeMYB53

0.095368

0.4069

0.234376

7.07E-14

DoMYB04

PeMYB74

0.083609

0.36295

0.230358

4.17E-10

DoMYB43

PeMYB06

0.109957

0.48052

0.228829

3.95E-13

DoMYB68

PeMYB51

0.072732

0.325264

0.223608

3.18E-10

DoMYBR10

PeMYBR31

0.07664

0.349733

0.219138

4.03E-08

DoMYB111

PeMYB45

0.093899

0.434686

0.216015

2.4E-08

DoMYB19

PeMYB69

0.092868

0.459706

0.202017

2.53E-16

DoMYB92

PeMYB85

0.105135

0.526037

0.199862

1.51E-13

DoMYB108

PeMYB44

0.092366

0.469872

0.196577

1.14E-12

DoMYBR17

PeMYBR05

0.060215

0.308167

0.195397

1.47E-21

DoMYBR11

PeMYBR02

0.093764

0.48181

0.194608

1.11E-15

DoMYB26

PeMYB04

0.132161

0.687219

0.192312

6.56E-12

DoMYBR24

PeMYBR20

0.061053

0.343438

0.177769

5.88E-16

DoMYB23

PeMYB22

0.078265

0.460628

0.16991

3.87E-21

DoMYB07

PeMYB20

0.060264

0.356788

0.168906

1.25E-13

DoMYB84

PeMYB31

0.199724

1.27411

0.156756

5.73E-22

DoMYB59

PeMYB114

0.125627

0.887715

0.141517

1.47E-17

DoMYB13

PeMYB90

0.123877

0.879398

0.140866

8.44E-18

DoMYB17

PeMYB10

0.103123

0.733765

0.14054

1.39E-24

DoMYB01

PeMYB42

0.09443

0.685337

0.137786

5.07E-19

DoMYB96

PeMYB86

0.062697

0.46096

0.136014

2.21E-19

DoMYBR37

PeMYBR34

0.05965

0.454563

0.131225

6.45E-23

DoMYB57

PeMYB33

0.044033

0.349604

0.125952

1.68E-16

DoMYB64

PeMYB36

0.049998

0.39719

0.12588

1.82E-17

DoMYB66

PeMYB02

0.093345

0.755975

0.123477

3.24E-21

DoMYB24

PeMYB38

0.109397

0.886578

0.123393

3.53E-32

DoMYBR03

PeMYBR17

0.067015

0.544493

0.123078

2.42E-25

DoMYBR31

PeMYBR26

0.098098

0.816452

0.120151

1.76E-10

DoMYB61

PeMYB79

0.058864

0.495516

0.118792

1.14E-22

DoMYB103

PeMYB62

0.064227

0.566367

0.113402

4.68E-22

DoMYBR39

PeMYBR28

0.060879

0.555284

0.109635

1.13E-08

DoMYB51

PeMYB21

0.042387

0.400007

0.105965

2.99E-26

DoMYB18

PeMYB57

0.064086

0.618519

0.103613

5.75E-32

DoMYB47

PeMYB15

0.061099

0.602174

0.101465

7.01E-31

DoMYB34

PeMYB49

0.072019

0.786213

0.091603

5.96E-25

DoMYB69

PeMYB56

0.071401

0.785038

0.090952

1.5E-34

DoMYB44

PeMYB18

0.036016

0.429379

0.083879

1.45E-18

DoMYB112

PeMYB99

0.218163

2.74748

0.079405

2.25E-12

DoMYB12

PeMYB107

0.231365

3.25787

0.071017

5.2E-11

DoMYBR06

PeMYBR25

0.037052

0.562053

0.065922

1.61E-12

DoMYB09

PeMYB16

0.039861

0.637587

0.062519

5.85E-34

DoMYB80

PeMYB35

0.045443

0.806638

0.056336

7.78E-28

DoMYB116

PeMYB113

0.136094

2.97652

0.045722

4.68E-23

  1. Ka non-synonymous substitutions per non-synonymous site, Ks synonymous substitutions per synonymous site); Ka/Ks the ratio.
Back to article page