Table 3 Comparison of IHC results for ER, PGR, and Her2 with respective RT²-Profiler RNA expression values and Oncotype DX singe gene scores.

patient	ER Score (GHI)	ER IHC [% pos. cells]	unrestricted Ct-value	PR Score (GHI)	PGR IHC [% pos. cells]	unrestricted Ct-value	Her2 Score (GHI)	Her2 IHC [% pos. cells]	unrestricted Ct-value
1	+	100	+	−	2	−	−	1	−
2	+	80	−	+	30	−	−	1	−
3	+	100	+	−	100	+	−	1	+
5	+	100	+	+	100	+	−	30	−
6	+	90	+	+	0	+	−	30	+
7	+	98	−	+	95	+	−	1	−
8	+	100	−	−	100	−	−	40	−
10	+	90	−	+	70	−	−	1	−
11	+	100	+	+	100	+	−	1	+
12	+	90	+	+	80	+	−	1	+
14	+	100	+	+	100	+	−	15	+
15	+	100	−	−	100	−	−	1	−
16	+	60	+	+	80	+	−	30	+
17	+	100	+	+	100	−	−	30	+
19	+	95	+	+	70	+	−	30	+
20	+	100	+	+	100	+	−	40	+
21	+	100	−	+	95	−	−	1	−
22	+	100	+	+	100	+	−	40	+
23	+	90	+	−	1	+	*	40	+
24	+	80	−	+	80	−	−	1	−
25	+	95	+	+	40	+	−	40	+
26	+	100	+	+	100	+	−	1	−
27	+	100	−	+	70	+	−	40	−
28	+	90	+	+	80	+	−	1	+
29	+	70	+	+	40	+	−	40	+
30	+	100	+	+	95	+	−	30	+
31	+	90	−	+	40	−	−	30	−
32	+	100	+	+	85	+	−	10	+
I	+	60	+	−	75	−	−	10	+
II	+	90	+	+	45	−	−	10	−
III	+	90	+	+	90	+	−	10	+
IV	+	90	+	+	60	+	−	30	+

The Oncotype Dx scores shown in Table 2 were allocated according to the respective thresholds (ER: neg. < 6.5, pos. ≥ 6.5; PR: neg. < 5.5; pos. ≥ 5.5; Her2: neg. < 10.7, 10.7 ≤ equivocal < 11.5, pos. ≥ 11.5), whereas the RT²-Profiler Ct values were defined as positive if Ct ≤ 35 and as negative if Ct > 35. The table reveals that with one exception the Oncotype Dx defines all analyzed samples as ER positive and Her2 negative regardless of IHC. Regarding the comparison of IHC and RNA detection the Oncotype Dx shows a correlation of 37.5% and the RT²-Profiler assay of 71.9%. The inter-assay correlation based on IHC confirmation is about 72% for ER and PGR, and 40.6% for Her2.

Quick links

patient	ER Score (GHI)	ER IHC [% pos. cells]	unrestricted Ct-value	PR Score (GHI)	PGR IHC [% pos. cells]	unrestricted Ct-value	Her2 Score (GHI)	Her2 IHC [% pos. cells]	unrestricted Ct-value
1	+	100	+	−	2	−	−	1	−
2	+	80	−	+	30	−	−	1	−
3	+	100	+	−	100	+	−	1	+
5	+	100	+	+	100	+	−	30	−
6	+	90	+	+	0	+	−	30	+
7	+	98	−	+	95	+	−	1	−
8	+	100	−	−	100	−	−	40	−
10	+	90	−	+	70	−	−	1	−
11	+	100	+	+	100	+	−	1	+
12	+	90	+	+	80	+	−	1	+
14	+	100	+	+	100	+	−	15	+
15	+	100	−	−	100	−	−	1	−
16	+	60	+	+	80	+	−	30	+
17	+	100	+	+	100	−	−	30	+
19	+	95	+	+	70	+	−	30	+
20	+	100	+	+	100	+	−	40	+
21	+	100	−	+	95	−	−	1	−
22	+	100	+	+	100	+	−	40	+
23	+	90	+	−	1	+	*	40	+
24	+	80	−	+	80	−	−	1	−
25	+	95	+	+	40	+	−	40	+
26	+	100	+	+	100	+	−	1	−
27	+	100	−	+	70	+	−	40	−
28	+	90	+	+	80	+	−	1	+
29	+	70	+	+	40	+	−	40	+
30	+	100	+	+	95	+	−	30	+
31	+	90	−	+	40	−	−	30	−
32	+	100	+	+	85	+	−	10	+
I	+	60	+	−	75	−	−	10	+
II	+	90	+	+	45	−	−	10	−
III	+	90	+	+	90	+	−	10	+
IV	+	90	+	+	60	+	−	30	+

patient	ER Score (GHI)	ER IHC [% pos. cells]	unrestricted Ct-value	PR Score (GHI)	PGR IHC [% pos. cells]	unrestricted Ct-value	Her2 Score (GHI)	Her2 IHC [% pos. cells]	unrestricted Ct-value
1	+	100	+	−	2	−	−	1	−
2	+	80	−	+	30	−	−	1	−
3	+	100	+	−	100	+	−	1	+
5	+	100	+	+	100	+	−	30	−
6	+	90	+	+	0	+	−	30	+
7	+	98	−	+	95	+	−	1	−
8	+	100	−	−	100	−	−	40	−
10	+	90	−	+	70	−	−	1	−
11	+	100	+	+	100	+	−	1	+
12	+	90	+	+	80	+	−	1	+
14	+	100	+	+	100	+	−	15	+
15	+	100	−	−	100	−	−	1	−
16	+	60	+	+	80	+	−	30	+
17	+	100	+	+	100	−	−	30	+
19	+	95	+	+	70	+	−	30	+
20	+	100	+	+	100	+	−	40	+
21	+	100	−	+	95	−	−	1	−
22	+	100	+	+	100	+	−	40	+
23	+	90	+	−	1	+	*	40	+
24	+	80	−	+	80	−	−	1	−
25	+	95	+	+	40	+	−	40	+
26	+	100	+	+	100	+	−	1	−
27	+	100	−	+	70	+	−	40	−
28	+	90	+	+	80	+	−	1	+
29	+	70	+	+	40	+	−	40	+
30	+	100	+	+	95	+	−	30	+
31	+	90	−	+	40	−	−	30	−
32	+	100	+	+	85	+	−	10	+
I	+	60	+	−	75	−	−	10	+
II	+	90	+	+	45	−	−	10	−
III	+	90	+	+	90	+	−	10	+
IV	+	90	+	+	60	+	−	30	+

Search

patient	ER Score (GHI)	ER IHC [% pos. cells]	unrestricted Ct-value	PR Score (GHI)	PGR IHC [% pos. cells]	unrestricted Ct-value	Her2 Score (GHI)	Her2 IHC [% pos. cells]	unrestricted Ct-value
1	+	100	+	−	2	−	−	1	−
2	+	80	−	+	30	−	−	1	−
3	+	100	+	−	100	+	−	1	+
5	+	100	+	+	100	+	−	30	−
6	+	90	+	+	0	+	−	30	+
7	+	98	−	+	95	+	−	1	−
8	+	100	−	−	100	−	−	40	−
10	+	90	−	+	70	−	−	1	−
11	+	100	+	+	100	+	−	1	+
12	+	90	+	+	80	+	−	1	+
14	+	100	+	+	100	+	−	15	+
15	+	100	−	−	100	−	−	1	−
16	+	60	+	+	80	+	−	30	+
17	+	100	+	+	100	−	−	30	+
19	+	95	+	+	70	+	−	30	+
20	+	100	+	+	100	+	−	40	+
21	+	100	−	+	95	−	−	1	−
22	+	100	+	+	100	+	−	40	+
23	+	90	+	−	1	+	*	40	+
24	+	80	−	+	80	−	−	1	−
25	+	95	+	+	40	+	−	40	+
26	+	100	+	+	100	+	−	1	−
27	+	100	−	+	70	+	−	40	−
28	+	90	+	+	80	+	−	1	+
29	+	70	+	+	40	+	−	40	+
30	+	100	+	+	95	+	−	30	+
31	+	90	−	+	40	−	−	30	−
32	+	100	+	+	85	+	−	10	+
I	+	60	+	−	75	−	−	10	+
II	+	90	+	+	45	−	−	10	−
III	+	90	+	+	90	+	−	10	+
IV	+	90	+	+	60	+	−	30	+