Table 2 Haplotype of waxy gene in studied 167 waxy maize and 14 flint maize.

Waxy maize

Hap_1

CCAGGAGCTAACCTCGCTGGATAAGGAAAACCAGTGATGCATTCCCGGAAGTATTTG

2

Hap_2

…………TGTCGG…C…………………………….

3

Hap_3

…………………C…………………………….

1

Hap_4

….A.A.G.G…………..A…………………………

1

Hap_5

….A.A.G.G……….C…………………………….

1

Hap_6

.A………….A..A..C……TGA………GCC…CC.CA……

5

Hap_7

.A…T………A..A..C…..GTG…..CTC…C.T.T……….

1

Hap_8

.A…..T…T……A..C……T.A…………………….

1

Hap_9

G.C….T…T………C……T.A.G..CTC…CC.T….CA.G.AG

1

Hap_10

G……T…T………C……T.A.G.ACTC…CC.T….CA.GGAG

1

Hap_11

G……T…T………C……T.A.G..CTCTAGCC.T….CA……

1

Hap_12

G……T…T………C……T.A.G..CTC…CC.T….CAA.GA.

1

Hap_13

G……T…T……..GC……T.A.G..CTC…CC.T….CA……

1

Hap_14

G……T…T…….A.C……T.A.G..CTC…CC.T….CA……

1

Hap_15

G……T…T………CG…G.T.A.G..CTC…CC.T….CA.G…

1

Hap_16

G…A..T…T………C……T.A.G..CTC…CC.T….CA……

2

Hap_17

G…A..TG.GT………C……T.A.G..CTC…CC.T….CA……

2

Hap_18

G…A..TG..T………C……T.A.G..CTC…CC.T….CA……

4

Hap_19

G……T…T………C……T.A.G..CTC…CC.T….CA……

117

Hap_20

G……T…T………C……T.A.G..CTC…CC.T….CA.G…

7

Hap_21

G……T…T………C……T.A.G..CTC..TCC.T….CA……

2

Hap_22

G..A…T…T………C……T.A.G..CTC…CC.T….CA……

1

Hap_23

G……TG..T………C……T.A.G..CTC…CC.T….CA……

1

Hap_24

G……T…T………C……T.A.G..CTC…CC.T….CA…..C

1

Hap_25

G……T…T………C.CA…T.A.G..CTC…CC.T….CA……

1

Hap_26

G……T…T………C……T.A.GA.CTC…CC.T….CA……

1

Hap_27

G……T.G.T………C……T.A.G..CTC…CC.T….CA……

1

Hap_28

G…………..A..A..C……T..G…CTC…C.T.T……….

1

Hap_29

G…….G……A..A..C……T…G..CTC…CC…..GC……

1

Hap_30

G…………..A..A..C……T…G..CTC…CC…..GC……

3

Flint maize

Hap_1

TCGTCCTCCCCGCGTGAGTTCTATGACTTTCGGCCCCCCGTCGCCCCTGAACTGCCTCACTACTACCGACTCACCCCTCCGGGGGCG

1

Hap_2

CTAATTCGGGTA.AGTTCCATACACGTGGCATCATTTTGCA…………..TGTCGG…G.G.CGAT.TTT.C..T..CA.

3

Hap_3

CTAATTCGGGTAGAGTTCCATACACGTGGCATCATTTTGCAGTTGTAACTGAAC….G..GTG.A.A.GATG……..CC.A.A

2

Hap_4

…………………………………………………………GA…….TT..T….AA

3

Hap_5

………………………………………………………..A…………T…..A.A

1

Hap_6

………………………………………………………..A…………………

1

Hap_7

……………………………………..GTAACTGAACT…G..G…A.A.GAT..TT……..AA

2

Hap_8

……………………………………..GT……..T…G..G….GA.GAT..TT……..AA

1