Table 3 Conditional QTL effects on tiller number estimated in various developmental time intervals.

From: Unconditional and conditional analysis of epistasis between tillering QTLs based on single segment substitution lines in rice

SSSLand their combination	Effect	t1	t2\|t1	t3\|t2	t4\|t3	t5\|t4	t6\|t5	t7\|t6	t8\|t7	t9\|t8
S₁	a	− 0.06	0.30	− 0.40	− 1.21	− 0.59	− 0.44	− 0.35	0.06	0.76
S₁	d	0.78*	− 0.26	0.50	− 1.77*	− 1.48*	0.25	− 0.76	0.50	0.75
S₂	a	0.50	0.28	0.12	− 0.01	− 1.50*	0.44	− 0.21	− 0.32	− 0.09
S₂	d	1.33**	0.95*	0.32	− 1.24*	− 2.17*	− 1.29*	0.66	− 0.16	0.04
S₃	a	0.17	0.06	0.03	0	− 0.22	1.56*	0.16	0.50	− 0.24
S₃	d	0.39	0.32	0.38	0.45	1.51*	1.60*	0.23	0.21	0.67
S₄	a	0	0.06	0.15	− 0.24	0.25	1.48*	− 0.43	− 0.03	0.16
S₄	d	0.61	0.63	0.48	− 1.83*	− 1.33*	0.19	− 0.44	− 0.20	0.10
S₅	a	0.06	0.15	0.22	− 0.12	− 0.05	0.52	0.16	− 0.20	0.39
S₅	d	0.94**	0.52	− 0.05	− 0.29	− 0.83	0.88	0.26	− 0.65	0.69
S₆	a	0.06	− 0.35	0.13	− 0.60	− 0.40	− 0.67	− 0.12	0.14	0.14
S₆	d	0.89*	− 0.02	0.17	− 1.12	− 0.66	− 0.23	− 0.02	− 0.09	0.23
S₁/S₂	aa	− 0.61	− 0.80	0.28	0.15	2.21	− 0.60	0.63	0.26	0.12
	ad	− 0.58	− 2.52**	0.31	3.52*	1.77	2.08	0.30	0.62	0.12
	da	− 0.94	0.37	− 0.64	0.74	3.14*	− 0.46	0.42	0.31	− 0.05
	dd	− 1.94	− 0.93	− 0.59	3.83**	2.28	1.48	− 0.05	− 0.42	0.04
S₁/S₃	aa	− 0.11	− 0.52	0.24	0.82	0.40	− 0.35	0.42	− 0.64	− 0.01
	ad	0.33	− 1.50**	0.63	0.44	− 1.29	− 1.00	− 0.20	0.05	− 0.75
	da	− 0.94	0.03	− 0.27	0.63	0.83	− 1.50	0.65	− 0.72	− 0.31
	dd	− 1.17	− 0.21	− 0.46	− 0.35	− 3.36*	− 1.94	0.04	− 0.16	− 0.37
S₁/S₄	aa	0.06	− 0.63	0.32	0.50	− 1.01	− 1.73	0.70	0.34	− 0.84
	ad	0.06	− 1.57**	0.36	3.08*	0.83	0.94	0.47	0.45	0.23
	da	0	0.39	0.61	1.98	1.62	1.38	1.97	− 0.08	− 0.08
	dd	− 1.17*	− 1.00*	− 0.84	3.07*	2.16	− 1.42	1.33	− 0.22	− 0.56
S₁/S₅	aa	0	− 0.94	0.26	1.84	− 0.35	− 0.19	0.52	0.37	− 0.83
	ad	− 0.28	− 1.41*	1.09*	2.52	0.60	0.75	0.06	0.86	0.09
	da	− 0.50	0	− 0.48	0.84	0.90	− 1.52	0.71	− 0.36	− 1.07
	dd	− 1.50**	− 0.73	− 0.29	2.38	0.53	− 1.17	1.39	0.64	− 0.91
S₂/S₃	aa	− 0.72	− 0.15	0.35	− 0.10	0.04	− 1.50	0.09	0.01	0.14
	ad	− 0.44	− 0.41	0	− 0.55	− 1.69	− 1.54	0.02	0.30	− 0.78
	da	− 1.50**	− 0.95*	0.07	0.95	1.61	− 0.98	− 0.08	− 0.36	0.43
	dd	− 0.83	− 0.84	0.68	1.68	1.45	2.92	0.13	0.04	− 0.24
S₂/S₄	aa	− 0.61	− 0.26	0.22	0.21	1.11	− 1.15	0.90	0.16	− 0.41
	ad	− 1.17*	− 0.84	− 0.11	1.81	2.69*	0.15	0.91	0.33	− 0.35
	da	− 1.50**	− 1.06*	0.11	2.41	0.87	0.12	− 0.10	− 0.03	− 0.26
	dd	− 2.00**	− 1.90**	− 0.36	2.63	2.23	1.73	0.13	0.34	0
S₂/S₅	aa	− 0.72	− 0.37	− 0.29	− 0.61	1.83	− 0.65	0.02	0.85	− 0.12
	ad	− 1.50**	− 1.95**	0.44	0.43	1.37	− 1.75	0.26	0.98	− 0.38
	da	− 1.44**	− 1.30*	− 0.35	1.2	1.76	1.23	− 1.17	0.50	− 0.37
	dd	− 2.39**	− 2.21**	0.04	1.42	2.79*	− 0.17	− 1.07	1.06	− 0.41
S₃/S₆	aa	− 0.11	0.35	0.19	0.69	− 1.19	− 0.77	− 0.22	− 1.25	0.36
	ad	− 0.72	0.02	0.15	1.21	− 0.93	− 1.21	− 0.33	− 1.02	0.27
	da	0.61	0.24	− 0.07	− 0.87	− 0.98	− 0.27	0.34	− 0.48	− 0.22
	dd	− 0.78	− 1.30*	0.38	1.04	− 2.04	− 2.17	0.62	− 0.54	− 0.94
S₄/S₆	aa	− 0.11	− 0.07	0.28	0.17	− 0.10	0.35	0.68	0.16	− 0.32
	ad	− 1.06*	− 0.04	− 0.26	1.34	0.19	− 0.46	0.82	− 0.59	0.02
	da	− 0.83	− 0.56	− 0.26	2.72	1.98	0.71	0.35	0.32	0.21
	dd	− 1.44**	− 0.69	− 0.55	3.24*	0.03	0.50	0.06	0.08	− 0.59

SSSL was the abbreviation of single segment substitution line. S_i represented the code of SSSL_i. t(n)|t(n-1) indicated the developmental stage from n-1 to n, 7d. a and d were homozygote and heterozygote effects respectively, estimated by \(SSSL_{i} - HJX74\)(where i represented homozygote or heterozygote). aa, ad, da and dd were additive-additive, additive-dominance, dominance-additive and dominance-dominance epistasis, respectively, estimated by \((D_{kl} + HJX74 - S_{k} - S_{l} )\), where \(D_{kl} ,S_{k} ,S_{l}\) indicated dual segment and its two single segment materials respectively, which might be homozygotes or heterozygotes. Sign “-” meant to descend tiller number due to the alleles from donors. Superscripts “^* and ^**” indicated the significance at 5% and 1% level, respectively.

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