Table 4 Binding energy contribution per residue from MM-GBSA calculation.

From: Targeting the receptor binding domain and heparan sulfate binding for antiviral drug development against SARS-CoV-2 variants

	Residue	ΔE_(vdW)	ΔE_(Elec)	ΔE_{(Polar Solv)}	ΔE_{(Non-polar Solv)}	ΔG_(Binding)
ACE	R454	− 0.6 ± 0.5	− 6.4 ± 2.7	1.6 ± 1.7	0.0 ± 0.0	− 5.5 ± 1.3
	R457	− 2.6 ± 0.6	− 1.0 ± 1.9	0.4 ± 1.9	− 0.3 ± 0.1	− 3.4 ± 1.6
	D467	0.5 ± 1.2	− 17.1 ± 5.7	13.4 ± 3.4	− 0.2 ± 0.0	− 3.4 ± 2.0
	S469	− 1.9 ± 0.4	1.3 ± 1.2	− 0.8 ± 0.8	− 0.2 ± 0.0	− 1.7 ± 0.9
	Y473	− 1.6 ± 0.5	− 0.2 ± 0.4	0.5 ± 0.3	− 0.2 ± 0.1	− 1.5 ± 0.6
HYP	R454	− 0.7 ± 0.5	− 2.5 ± 2.2	0.1 ± 1.7	0.0 ± 0.0	− 3.1 ± 0.8
	R457	− 3.1 ± 0.5	− 3.4 ± 2.6	3.9 ± 2.3	− 0.3 ± 0.1	− 2.9 ± 1.0
	K458	− 1.4 ± 0.8	− 5.5 ± 2.0	5.6 ± 2.0	− 0.2 ± 0.1	− 1.5 ± 0.6
	S459	− 0.1 ± 0.7	− 2.4 ± 1.8	0.8 ± 0.6	− 0.1 ± 0.0	− 1.8 ± 1.0
	D467	− 0.8 ± 1.1	− 13.8 ± 1.7	11.1 ± 2.6	− 0.1 ± 0.0	− 2.0 ± 1.4
	E471	− 0.6 ± 1.0	− 8.6 ± 6.7	6.1 ± 5.3	− 0.3 ± 0.1	− 3.3 ± 1.6
	Y473	− 1.5 ± 0.3	− 1.1 ± 0.6	0.8 ± 0.4	− 0.1 ± 0.1	− 1.9 ± 0.5
ISO	R454	− 0.3 ± 0.6	− 5.7 ± 2.7	2.4 ± 1.9	− 0.1 ± 0.0	− 3.8 ± 1.2
	D467	1.3 ± 1.0	− 14.0 ± 3.0	9.3 ± 2.1	− 0.1 ± 0.0	− 3.5 ± 1.7
	Y473	− 2.9 ± 1.1	− 0.4 ± 0.6	1.3 ± 0.9	− 0.4 ± 0.1	− 2.4 ± 0.8
CAG	R457	− 1.2 ± 1.1	− 5.2 ± 3.7	5.0 ± 3.4	− 0.2 ± 0.2	− 1.6 ± 1.7
	K458	− 1.9 ± 1.2	− 7.4 ± 5.3	7.8 ± 5.2	− 0.4 ± 0.2	− 1.8 ± 1.7
	Y473	− 1.9 ± 1.3	− 0.5 ± 0.9	1.2 ± 1.4	− 0.3 ± 0.2	− 1.5 ± 1.1
ORO	F486	− 1.7 ± 2.1	− 0.2 ± 0.5	0.5 ± 0.7	− 0.3 ± 0.4	− 1.6 ± 2.1
CGA	R457	− 2.4 ± 1.2	− 6.6 ± 4.9	5.0 ± 3.7	− 0.3 ± 0.1	− 4.4 ± 1.9
	K458	− 2.1 ± 1.6	− 8.0 ± 4.8	8.3 ± 5.0	− 0.4 ± 0.3	− 2.2 ± 1.7
	S469	− 1.0 ± 0.7	− 0.4 ± 1.7	0.2 ± 0.9	− 0.2 ± 0.1	− 1.4 ± 0.7
	E471	− 0.4 ± 0.9	− 6.6 ± 4.5	5.4 ± 3.1	− 0.2 ± 0.1	− 1.7 ± 1.5

Back to article page

Quick links

Search

Quick links