Table 2 Selected down-regulated genes after 24 h drug exposure, with log₂ FC values across all datasets, from RNA-seq analyses.

From: Structure–activity relationships for the G-quadruplex-targeting experimental drug QN-302 and two analogues probed with comparative transcriptome profiling and molecular modeling

Functional relevance, gene name	SOP1247 in MIA- PaCa2	CM03 in MIA- PaCa2	CM03 in MIA- PaCa2-GemR	CM03 in PANC-1	QN-302 in MIA-PaCa2	PQs
Hedgehog pathway
GLI1	− 0.13	0.03	− 0.57	− 0.57	− 1.84	15
GLI2	− 0.74	− 1.24	0.00	0.38	− 0.15	71
GLI3	2.63	− 0.58	0.00	0.28	− 0.47	13
GLI4	− 2.67	− 1.26	− 2.76	− 1.71	− 0.90	11
WNT pathway
WNT5B	− 0.66	− 0.97	0.34	− 0.01	− 0.58	8
DVL1	− 1.87	− 1.35	− 2.68	− 1.56	− 0.77	30
AXIN1	− 0.92	− 0.72	− 1.35	− 0.74	− 0.39	18
APC2	− 3.20	− 1.61	− 3.17	− 1.62	− 1.06	4
Axon guidance
PAK1	− 1.39	− 1.13	− 1.74	− 1.11	− 0.22	14
ROBO3	0.08	− 0.53	− 1.09	− 0.85	0.23	19
PLXNA1	− 1.62	− 1.56	− 2.55	− 1.50	− 0.92	54
NTN4	3.47	4.04	N/A	0.95	− 2.46	13
Hippo pathway
TAZ	− 0.88	− 1.10	− 1.49	− 0.74	− 0.56	8
TEAD2	− 0.52	− 0.91	− 0.37	0.21	− 0.61	19
TEAD3	− 0.14	− 0.66	− 0.33	0.07	− 0.43	29
TEAD4	− 0.50	− 0.31	− 0.77	− 0.04	− 0.13	34
SHANK2	− 2.4	− 1.96	N/A	− 0.44	− 0.37	203
SHANK3	− 1.34	− 0.85	− 0.95	− 1.12	− 0.11	42
Transcriptional genes
PRDM16	− 3.88	− 3.39	− 3.48	− 3.14	− 1.91	260
TP73	− 1.49	− 1.19	− 2.37	− 0.99	− 0.61	91
CBFA2T3	− 2.90	− 2.86	− 3.32	− 2.24	− 1.50	96
MYC	− 0.02	0.34	0.71	0.71	− 0.07	4
Chemokines
CX3CL1	− 1.08	− 1.82	N/A	0.62	− 2.91	5
CXCL1	− 2.90	− 1.38	− 1.38	− 1.69	− 1.37	1
Signal transduction pathways
KRAS	0.22	− 0.15	− 0.17	0.05	− 0.10	4
MAPK11	− 2.12	− 2.56	− 3.03	− 1.59	− 1.72	18
MAPK12	− 1.11	− 1.23	− 0.68	− 1.44	− 0.70	18
AKT1	− 1.20	− 0.98	− 1.55	− 1.04	− 0.37	44
ARF6	− 0.99	− 0.54	− 0.99	− 0.69	− 0.22	7
IQSEC1	− 0.79	− 0.53	− 0.80	− 0.50	− 0.20	82
Transporters
SLC19A1	− 4.70	− 3.94	− 5.25	− 2.05	− 2.27	38
SLC29A1	− 0.49	− 0.16	− 0.60	− 0.15	− 0.17	25
CLIC3	1.05	0.92	N/A	− 0.29	− 2.77	6
Misc function
HSPA1A	− 0.21	− 0.12	− 0.46	0.01	− 1.15	3
BCL2	− 1.76	− 1.24	− 1.82	N/A	− 0.48	21
hTERT	− 3.32	− 2.47	− 4.21	− 0.98	− 1.03	15
S100P	− 0.53	N/A	1.47	N/A	− 3.23	60
RTN4R	− 2.87	− 2.23	− 2.77	− 1.85	− 1.87	28
KRT16	− 4.06	−	−	0.56	− 1.98	2

PQs represent the estimated number of putative quadruplex-forming sequences, taken from^40,41,42.

Back to article page

Table 2 Selected down-regulated genes after 24 h drug exposure, with log₂ FC values across all datasets, from RNA-seq analyses.

Search

Quick links