Table 3 Performance of 54 VPPTs for ancestry-specific African (AFR) vs European (EUR) advanced prostate cancer benchmark datasets classified by InterVar (ACMG-AMP guidelines) and ordered in descending order of sensitivity (Sen) for our African ancestral patients

M-CAP

0.98

0.97

0.65

0.65

0.35

0.35

0.02

0.03

0.30

0.29

MetaSVM

0.95

0.89

0.96

0.95

0.04

0.05

0.05

0.11

0.51

0.38

MetaLR

0.94

0.88

0.94

0.94

0.06

0.06

0.06

0.13

0.43

0.34

GERP-NR

0.91

0.93

0.22

0.23

0.78

0.77

0.09

0.07

0.06

0.06

phastCons470way-mammalian

0.91

0.89

0.64

0.60

0.36

0.40

0.09

0.11

0.20

0.14

CADD

0.90

0.96

0.79

0.75

0.21

0.25

0.10

0.04

0.30

0.24

MutationTaster

0.90

0.92

0.71

0.69

0.29

0.31

0.10

0.08

0.22

0.16

GenoCanyon

0.89

0.88

0.30

0.31

0.70

0.69

0.11

0.12

0.08

0.06

phastCons100way-vertebrate

0.87

0.89

0.63

0.60

0.37

0.40

0.13

0.11

0.19

0.15

Eigen-raw

0.86

0.92

0.83

0.80

0.17

0.20

0.14

0.08

0.33

0.26

fathmm-MKL

0.86

0.87

0.68

0.65

0.32

0.35

0.14

0.13

0.21

0.16

phyloP470way-mammalian

0.85

0.88

0.67

0.63

0.33

0.37

0.15

0.12

0.20

0.16

Eigen-PC-raw

0.83

0.87

0.82

0.79

0.18

0.21

0.17

0.13

0.30

0.23

LINSIGHT

0.80

0.90

0.70

0.80

0.30

0.20

0.20

0.10

0.50

0.67

phyloP100way-vertebrate

0.79

0.82

0.75

0.70

0.25

0.30

0.21

0.18

0.22

0.17

bStatistic

0.78

0.66

0.20

0.20

0.80

0.80

0.22

0.34

−0.01

−0.05

phastCons17way-primate

0.78

0.79

0.57

0.55

0.43

0.45

0.22

0.21

0.13

0.10

DANN

0.77

0.76

0.77

0.74

0.23

0.26

0.23

0.24

0.23

0.16

BayesDel-noAF

0.76

0.89

0.96

0.94

0.04

0.06

0.24

0.11

0.52

0.46

LRT

0.76

0.72

0.80

0.77

0.20

0.23

0.24

0.28

0.24

0.16

Polyphen2-HDIV

0.74

0.85

0.68

0.66

0.32

0.34

0.26

0.15

0.12

0.11

SIFT

0.74

0.82

0.68

0.67

0.32

0.33

0.26

0.18

0.12

0.11

GERP-RS

0.73

0.75

0.83

0.79

0.17

0.21

0.27

0.25

0.26

0.19

MVP

0.73

0.80

0.88

0.87

0.12

0.13

0.27

0.20

0.24

0.27

SIFT-4G

0.73

0.76

0.76

0.73

0.24

0.27

0.27

0.24

0.15

0.12

LIST-S2

0.70

0.79

0.83

0.80

0.17

0.20

0.30

0.21

0.18

0.15

MutationAssessor

0.69

0.87

0.77

0.75

0.23

0.25

0.31

0.13

0.15

0.15

BayesDel-addAF

0.68

0.78

0.99

0.99

0.01

0.01

0.32

0.22

0.74

0.73

ClinPred

0.67

0.58

0.99

1.00

0.01

0.00

0.33

0.42

0.61

0.62

SiPhy

0.67

0.76

0.82

0.80

0.18

0.20

0.33

0.24

0.23

0.20

Polyphen2-HVAR

0.65

0.77

0.79

0.77

0.21

0.23

0.35

0.23

0.15

0.14

REVEL

0.65

0.78

0.97

0.95

0.03

0.05

0.35

0.22

0.39

0.33

ESM1b

0.64

0.73

0.86

0.84

0.14

0.16

0.36

0.27

0.19

0.16

FATHMM

0.64

0.76

0.83

0.85

0.17

0.15

0.36

0.24

0.17

0.17

PROVEAN

0.62

0.80

0.83

0.81

0.17

0.19

0.38

0.20

0.16

0.16

MutPred

0.59

0.73

0.79

0.80

0.21

0.20

0.41

0.27

0.20

0.20

VEST4

0.59

0.73

0.89

0.90

0.11

0.10

0.41

0.27

0.24

0.26

fathmm-XF

0.58

0.54

0.86

0.84

0.14

0.16

0.42

0.46

0.20

0.13

MetaRNN

0.56

0.49

1.00

1.00

0.00

0.00

0.44

0.51

0.67

0.64

VARITY-R

0.55

0.68

0.94

0.93

0.06

0.07

0.45

0.32

0.28

0.23

VARITY-R-LOO

0.55

0.68

0.93

0.92

0.07

0.08

0.45

0.32

0.26

0.23

DEOGEN2

0.54

0.66

0.95

0.94

0.05

0.06

0.46

0.34

0.28

0.25

hESC-fitCons

0.53

0.55

0.35

0.38

0.65

0.62

0.47

0.45

−0.04

−0.02

HUVEC-fitCons

0.53

0.45

0.40

0.41

0.60

0.59

0.47

0.55

−0.03

−0.04

integrated-fitCons

0.53

0.50

0.40

0.42

0.60

0.58

0.47

0.50

−0.03

−0.02

EVE

0.48

0.61

0.84

0.82

0.16

0.18

0.52

0.39

0.18

0.20

VARITY-ER

0.45

0.61

0.96

0.94

0.04

0.06

0.55

0.39

0.26

0.23

VARITY-ER-LOO

0.45

0.65

0.96

0.94

0.04

0.06

0.55

0.35

0.25

0.25

gMVP

0.41

0.56

0.96

0.94

0.04

0.06

0.59

0.44

0.22

0.21

GM12878-fitCons

0.38

0.44

0.54

0.56

0.46

0.44

0.62

0.56

−0.03

0.00

AlphaMissense

0.37

0.53

0.97

0.95

0.03

0.05

0.63

0.47

0.23

0.21

PrimateAI

0.20

0.20

0.98

0.98

0.02

0.02

0.80

0.80

0.15

0.12

MPC

0.03

0.03

1.00

1.00

0.00

0.00

0.97

0.97

0.05

0.04

phyloP17way-primate

0.00

0.00

1.00

1.00

0.00

0.00

1.00

1.00

0.00

0.00

 Mean

0.66

0.71

0.77

0.76

0.23

0.24

0.34

0.29

0.23

0.20

 p value