Table 2 Associations between full-length and putatively full-length prophages and pneumococcal genetic lineages.
From: Pneumococcal prophages are diverse, but not without structure or history
Prophage frequency (years of isolation) a | ||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Clonal complex | IPP32 (1977–1988) | MM1 (1984–2002) | IPPX302 (1978–1985) | SPN195_1 (1993–2008) | IPPX3 (1978–1984) | IPPX4 (1978–1987) | 3059_06_phage (1978–1985) | IPPX300 (1999–2003) | IPP57 (1992–2005) | IPP12 (1948–2002) | IPP29 (1978–2002) | IPPX328 (1978) | IPP34 (1939–1999) | IPP62 (1999–2006) | IPP67 (1957–1962) | SPN_1873 (1999–2000) | IPPX215 (1999–2006) | IPP8 (1989–2000) | IPPX100 (1965–1966) | Total |
1094 | 7 | 6 | 6 | 5 | 24 | |||||||||||||||
41/1605 | 14 | 3 | 17 | |||||||||||||||||
81 | 11 | 11 | ||||||||||||||||||
156/162 | 7 | 7 | ||||||||||||||||||
199 | 5 | 1 | 6 | |||||||||||||||||
124 | 1 | 4 | 5 | |||||||||||||||||
180 | 5 | 5 | ||||||||||||||||||
2090 | 3 | 1 | 4 | |||||||||||||||||
3122/5977 | 3 | 3 | ||||||||||||||||||
113 | 3 | 3 | ||||||||||||||||||
15 | 3 | 3 | ||||||||||||||||||
439 | 2 | 2 | ||||||||||||||||||
Singleton | 1 | 1 | 2 | |||||||||||||||||
66 | 2 | 2 | ||||||||||||||||||
217 | 2 | 2 | ||||||||||||||||||
615 | 2 | 2 | ||||||||||||||||||
236/271/320 | 1 | 1 | ||||||||||||||||||
7232 | 1 | 1 | ||||||||||||||||||
68/1656 | 1 | 1 | ||||||||||||||||||
Total | 16 | 11 | 7 | 7 | 6 | 6 | 6 | 5 | 5 | 4 | 4 | 3 | 3 | 3 | 3 | 3 | 3 | 3 | 3 | 101 |
