Table 10 Evaluation of different methods on the CAFA3 multi-species test set.

BP

GOHPro

0.473

2.419

0.963

0.367

0.174

3.375

0.942

0.064

exp2GO

0.231

2.422

0.603

0.075

0.072

3.36

0.548

0.017

GrAPFI-GO

0.073

2.41

0.549

0.006

0.052

3.362

0.604

0.009

PHN

0.211

2.356

0.868

0.098

0.094

3.387

0.798

0.03

DCS

0.082

2.38

0.919

0.025

0.073

3.351

0.918

0.018

NC

0.152

2.343

0.74

0.061

0.091

3.382

0.647

0.018

DeepGO-SE

0.234

2.406

0.606

0.083

0.082

3.36

0.545

0.018

MF

GOHPro

0.601

2.018

0.969

0.606

0.43

2.326

0.948

0.386

exp2GO

0.244

1.961

0.59

0.113

0.183

2.344

0.577

0.071

GrAPFI-GO

0.206

2.013

0.587

0.063

0.265

2.408

0.692

0.09

PHN

0.208

1.957

0.815

0.087

0.17

2.343

0.822

0.081

DCS

0.151

2.203

0.863

0.064

0.184

2.471

0.913

0.088

NC

0.141

2.067

0.699

0.042

0.151

2.505

0.668

0.044

DeepGO-SE

0.24

1.959

0.587

0.111

0.17

2.327

0.569

0.066

CC

GOHPro

0.481

1.916

0.94

0.422

0.294

2.708

0.9

0.235

exp2GO

0.163

1.918

0.579

0.075

0.16

2.745

0.576

0.056

GrAPFI-GO

0.046

1.859

0.517

0.006

0.064

2.691

0.567

0.008

PHN

0.158

1.97

0.803

0.076

0.181

2.801

0.777

0.074

DCS

0.082

2.155

0.788

0.029

0.114

2.868

0.845

0.038

NC

0.121

1.992

0.667

0.043

0.162

2.897

0.654

0.07

DeepGO-SE

0.178

1.915

0.578

0.081

0.167

2.723

0.57

0.075