Table 2 Comparative results of genetic and epigenetic testing at CDKN2A–CDKN2B locus in cases with alteration
From: CDKN2A–CDKN2B deletion defines an aggressive subset of cutaneous T-cell lymphoma
Cutaneous T-cell lymphoma Cases Tissue | Array-based comparative genomic hybridization | Fluorescent in situ hybridization (% of cells with hemizygous/homozygous deletion pattern) | Quantitative PCR | Methylation status p16 INK4a /p15 INK4b /p14 ARF | |||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
BAC array | Oligo array | E1α p16 INK4a | E2 /p14 ARF and 16 INK4a | E1 p15 INK4b | |||
Transformed mycosis fungoides | |||||||
1. Skin | No del | Del 1 Mb | ND | Del | Del | Del | U/U/U |
2. Skin | No del | Del 10 Mb | ND | Del | Del | Del | U/M/U |
3. Node | Del 9p | Del 9pa | ND | Del | Del | Del | U/U/U |
4. Skin | No del | ND | No del | Del | Del | No del | M/M/U |
5. Skin | No del | No del | ND | Del | Del | No del | U/M/U |
6. Skin-a | Del 5 Mb | ND | ND | Del | Del | Del | ND |
6. Skin-b | Del 2.5 Mb | Del 2.5 Mb | 10/85 | Del | Del | Del | M/U/U |
6. Blood-a | Del 5 Mb | ND | 10/70 | Del | Del | Del | U/M/U |
6. Blood-b | Del 6 MB | ND | ND | Del | Del | Del | U/M/U |
7. Skin | Del 2.5 Mb | ND | 0/61 | Del | Del | Del | U/M/U |
8. Skin | No del | ND | 30/15 | Del | No del | No del | U/M/U |
9. Skin | No del | Del 1.6 Mb | 28/22 | Del | Del | Del | U/M/U |
10. Skin | No del | ND | 31/26 | Del | Del | Del | ND |
11. Skin | Del 1 Mb | ND | 35/18 | Del | Del | ND | U/M/U |
12. Skin | No del | ND | ND | Del | Del | Del | U/M/U |
13. Skin | Del 36 Mb | ND | 25/0 | Del | Del | Del | U/U/U |
14. Skin | No del | ND | 23/0 | Del | Del | Del | ND |
15. Skin | No del | ND | 9/53 | Del | Del | Del | U/U/U |
16. Skin | Del 2.5 Mb | ND | ND | No del | No del | Del | U/M/U |
17. Skin | Del 16 Mb | ND | ND | Del | Del | Del | U/M/U |
Sézary syndrome | |||||||
18. Blood | No del | Del 130 kb | No del | Del | Del | Del | ND |
19. Blood | No del | Del 931 kb | 9/40 | Del | Del | Del | ND |
20. Blood | No del | Del 170 kb | 7/71 | Del | Del | Del | ND |
21. Blood | No del | Del 198 kb | 0/70 | Del | Del | Del | ND |
22. Blood | No del | ND | 26/14 | Del | Del | Del | ND |
23. Blood | Del 77 Mb | ND | 71/0 | Del | Del | Del | ND |
24. Blood | No del | ND | 35/0 | Del | ND | Del | ND |
CD30+ anaplastic large cell lymphoma | |||||||
25. Skin | Del 500 kb | ND | ND | Del | Del | Del | U/M/U |
