Alan ChristoffelsCrédit : Morgan Morris
Alan Christoffels a fait partie de la première promotion de doctorants du South African National Bioinformatics Institute (SANBI). Il a rejoint l'Institut en 1997, peu après sa création à l'université sud-africaine de Western Cape.
Sa mission était simple : développer les capacités en bio-informatique en Afrique du Sud. Au cours des trois dernières décennies, l'Institut est devenu le pionnier de la discipline dans toute l'Afrique. Ces dernières années, il a travaillé en étroite collaboration avec l'Organisation mondiale de la santé (OMS) et les Centres africains de contrôle et de prévention des maladies (Africa CDC), ainsi qu'avec d'importants bailleurs de fonds, pour développer les compétences et l'expertise en bio-informatique sur l'ensemble du continent.
Il a été nommé à la tête de l'institut en 2009 et, au présent, l’institut joue son rôle en remédier le faible nombre de chercheurs noirs, indigènes et de couleur (BIPOC) dans ses rangs à l'échelle mondiale.
Christoffels nous a parlé des efforts déployés au sujet de la pénurie de compétences et de ressources en Afrique afin d'attirer davantage de chercheurs du BIPOC sur le terrain.
Quel était l'état de la bio-informatique sur le site à la fin des années 90 ?
À l'époque, le projet du génome humain était le travail le plus important au niveau mondial. Nous participons à la course pour achever le séquençage du génome humain. Nous avions le séquençage de l'ADN, mais le séquençage à haut produit et la technologie portable n'existaient pas encore. Les machines étaient énormes et en Afrique du Sud, le travail expérimental était encore principalement effectué selon le séquençage de Sanger - la lecture de petites régions ciblées du génome, principalement pour tester des variantes familiales connues.
Quel était le véritable point de décollage dans ce domaine en Afrique ?
Vers 2007/8, lorsque des chercheurs dans le domaine ont lancé la Société africaine de bio-informatique et de biologie computationnelle (ASBCB) et, celle-ci est devenue le véhicule par lequel de nombreuses activités se sont déroulées. À l'époque, l'accent était mis sur l'agriculture et les sciences vétérinaires. Mais au même temps, la communauté des généticiens humains a reconnu la valeur du séquençage des génomes africains et en 2011 le Programme du génome humain en Afrique australe a été officiellement lancé. Je me souviens d’avoir analysé les premières données de séquençage de nouvelle génération en 2012 pour un génome partiel de pomme avec Jasper Rees, à l’époque professeur de biochimie à l'UWC.
L'Afrique du Sud est-elle le leader dans ce domaine en Afrique, ou d'autres pays l'ont-ils rattrapée ?
D'autres pays ont rattrapé leur retard en termes de compétences. La difficulté consiste à maintenir cette masse critique. Nous avons eu la chance en Afrique du Sud, de disposer d'un environnement propice à l'épanouissement de cette masse critique. Mais dans de nombreux pays, les gens partent à la recherche de placements ailleurs, notamment au Canada, aux États-Unis et en Europe. Il n'y a tout simplement pas assez d'occasions dans leur propre pays, à l'heure actuelle.
L'augmentation du nombre de groupes de travail au sein de l'ASBCB reflète l'expansion du domaine. Nous avons des groupes de travail sur les pathogènes, l'agriculture, la modélisation moléculaire, la génomique des populations et l'administration des systèmes. Le fait que ces groupes de travail sont en place montre à quel point le domaine s'est développé. Au fur et à mesure que le nombre de membres augmentait et que les gens s'impliquaient davantage, le besoin de personnes travaillant dans différents secteurs s'est fait sentir.
L'Afrique dispose-t-elle de suffisamment de personnes et de ressources dans le domaine des sciences informatiques ?
La réponse courte est non. Elles ne sont pas suffisantes pour répondre à la demande de prise en charge des principaux problèmes de santé.
Des mesures sont-elles prises pour remédier à cette situation ?
En tant que continent, nous avons bénéficié de financements de diverses organisations pour le développement, notamment de l'Africa CDC, de l'OMS, des National Institutes of Health des États-Unis et du Wellcome Trust. Et bien sûr, la décision de l'administration Trump de couper des financements critiques a été catastrophe, compromettant la continuité de programmes de santé vitaux. Elle a été particulièrement douloureuse en raison de la soudaineté de ses effets. Cependant, les programmes de renforcement des capacités ont largement compté sur les dons d'organisations philanthropiques, dont le soutien se poursuit. Il s'agit toutefois d'une arme à double tranchant, car ces subventions et financements ont souvent des buts et des objectifs à court terme, alors que ces programmes ont souvent besoin d'un calendrier plus long. Il incombe donc aux universitaires de voir comment intégrer des programmes durables à plus long terme dans les universités, par exemple.
Dans l'ensemble, nous voyons le domaine de la bio-informatique décoller et s'ancrer dans les systèmes de santé publique sur le continent, grâce à des réseaux internationaux tels que l'Alliance pour la santé publique et l'épidémiologie génomique (PHA4GE), qui cherche à transformer la bio-informatique d'un sujet académique en une science appliquée. Un autre exemple serait le rôle du réseau de bio-informatique H3Africa (H3Abionet) qui, au cours des dix dernières années, a renforcé les applications de la bio-informatique dans le domaine de la génomique humaine en Afrique. Plus cela se produit, plus nous créons d'occasions ici en Afrique, plus nous pouvons attirer d'étudiants et plus nous avons de chances de retenir certains d'entre eux une fois qu'ils auront obtenu leur diplôme.
