Table 3 HLA-A restrictions of the 120 VEPs from SARS-CoV-2

From: Screening HLA-A-restricted T cell epitopes of SARS-CoV-2 and the induction of CD8⁺ T cell responses in HLA-A transgenic mice

Epitope	In silico predicted HLA-A restriction	HLA-A restriction identified by competitive peptide binding assay				No test
Epitope	In silico predicted HLA-A restriction	High affinity	Intermediate affinity	Low affinity	No affinity
A1	A0201, A0207, A0206 A2402		A0207		A0206 > A2402 > A0201
A3	A0201				A0201
A4	A0201, A0207, A0203			A0207	A0201 > A0203
A5	A0201, A0203				A0201 > A0203
A6	A0207, A0206	A0207			A0206
A7	A0207	A0207
A9	A0206				A0206
A10	A0203				A0203
A12	A1101, A1102, A3303				A1101 > A3303	A1102
A16	A1101, A3303			A3303	A1101
A18	A1102, A3303, A3001			A3001	A3303 > A1101	A1102
A19	A1102				A1101	A1102
A20	A2402				A2402
A21	A2402				A2402
A22	A2402				A2402
A23	A2402				A2402
A25	A3001			A3001
A26	A3001			A3001
B1	A0201, A0206, A0203	A0201	A0206 > A0203
B2	A0201, A0206, A0203, A0207	A0207 > A0203	A0201 > A0206
B3	A0201, A0207, A0206	A0201 > A0207	A0206
B4	A0201, A0206				A0206 > A0201
B6	A0201, A0207, A0203	A0207	A0201	A0203
B10	A0207				A0207
B11	A0206			A0206
B12	A0206			A0206
B15	A0203	A0203
B16	A0203			A0203
B17	A0203	A0203
B18	A1101, A1102			A1101		A1102
B20	A1101, A1102, A3303	A1101			A3303	A1102
B21	A1101, A1102				A1101	A1102
B23	A1101, A1102, A3303			A1101 > A3303		A1102
B26	A2402	A2402
B28	A2402				A2402
B29	A2402	A2402
B30	A2402	A2402
B31	A2402	A2402
B34	A3303		A3303
B35	A3303			A3303
B36	A3001	A3001
B37	A3001	A3001
B38	A3001		A3001
B40	A3001	A3001
B41	A3001	A3001
C1	A0201, A0206, A0203		A0203		A0206 > A0201
C3	A0201, A0206, A0203				A0206 > A0203 > A0201
C10	A0206			A0206
C12	A0206			A0206
C16	A0206				A0206
C17	A0203		A0203
C27	A1101		A1101
C35	A2402				A2402
C45	A3303				A3303
C46	A3303			A3303
C47	A3303		A3303
C49	A1102		A1101			A1102
D2	A0201, A0206, A0203	A0203	A0206 > A0201
D5	A0201, A0207, A0203	A0203		A0207 > A0201
D6	A0201, A0207			A0207	A0201
D12	A0201, A0207, A0206		A0206	A0201	A0207
D13	A0201, A0203		A0203		A0201
D17	A0207, A0203			A0203	A0207
D26	A0206	A0206
D30	A0203	A0203
D31	A0203				A0203
D32	A0203				A0203
D33	A0203, A0206		A0203 > A0206
D34	A1101, A1102	A1101				A1102
D38	A1101, A1102	A1101				A1102
D40	A1101, A1102, A3001	A1101		A3001		A1102
D41	A1101	A1101
D42	A1101, A0206, A0201			A1101	A0206 > A0201
D46	A1102		A1101			A1102
D47	A1102	A1101				A1102
D48	A1102, A3303			A1101 > A3303		A1102
D50	A1102			A1101		A1102
D52	A2402				A2402
D53	A2402, A3303	A2402		A3303
D55	A2402	A2402
D56	A2402			A2402
D62	A2402		A2402
D64	A2402		A2402
D65	A3001	A3001
D71	A3001	A3001
D72	A3001, A1102, A0201, A0207	A1101	A3001	A0207	A0201
D76	A3303	A3303
D77	A3303, A1102	A3303			A1101	A1102
D78	A3303, A0203, A0206				A0206 > A0203 > A3303
D79	A3303, A1101, A0207, A2402		A3303		A0207 > A1101 > A2402
D80	A3303, A1102, A0201, A0207	A3303		A0207	A0201 > A1101	A1102
D81	A3303, A1102, A0203		A1101 > A3303		A0203	A1102
D82	A3303, A1102	A3303		A1101		A1102
R4	A0201		A0201
R5	A0201, A0203	A0203 > A0201
R6	A0201, A0207, A0206, A0203			A0207 >	A0206 > A0201 > A0203
R8	A0201	A0201
R9	A0201, A0206, A0203	A0201 > A0203	A0206
R10	A0201	A0201
R11	A0201		A0201
R12	A0201	A0201
R13	A0201				A0201
R14	A0201, A0203		A0203		A0201
R15	A0201	A0201
R17	A0207	A0207
R23	A0206		A0206
R24	A0203	A0203
R30	A1101	A1101
R32	A1101, A1102	A1101				A1102
R34	A1101, A3001, A3303	A3303	A3001		A1101
R35	A1101, A1102		A1101			A1102
R38	A1101, A3303			A3303 > A1101
R39	A1101, A1102, A3001		A1101			A1102
R40	A1101, A3001		A1101	A3001
R41	A1101, A3303		A3303	A1101
R42	A1101	A1101
R43	A1101, A3303	A1101 > A3303
R44	A1101, A1102		A1101			A1102
R47	A2402	A2402
R48	A2402		A2402

The 17 epitopes highlighted in bold displayed no affinity for the predicted HLA-A allotypes. “>” indicates the affinity from high to low

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