Table 2 An overview of the data models, capabilities, and qualities of the 23 external registries covering biomedical ontologies, controlled vocabularies, and databases imported by the Bioregistry.

From: Unifying the identification of biomedical entities with the Bioregistry

 

Citation

Metadata Model

Capabilities and Qualities

Name

Homepage

Description

Example LUID

LUID Pattern

Provider

Alt. Providers

Alt. Prefixes

License

Version

Contact

Structured Data

Bulk Data

No Auth. Required

Permissive License

Prefix Search

Prefix Provider

Resolve CURIEs

Lookup CURIEs

Registry

Bioregistry

40

 

Y

Y

Y

o

o

o

o

o

o

o

Y

Y

Y

Y

Y

Y

Y

 

AberOWL

12

Y

Y

Y

o

 

o

   

o

 

Y

Y

Y

 

Y

Y

 

Y

AgroPortal

13

Y

Y

Y

o

 

Y

  

o

o

o

Y

   

Y

Y

 

Y

 

14

     

o

     

Y

Y

Y

  

Y

  
 

15

Y

    

Y

  

o

  

Y

Y

Y

     

BioPortal

16

Y

 

Y

o

 

Y

   

Y

o

Y

   

Y

Y

 

Y

Cellosaurus

17

Y

Y

   

Y

     

Y

Y

Y

Y

    

CHEMINF

18

Y

          

Y

Y

Y

Y

 

Y

 

Y

CropOCT

19

Y

Y

 

o

 

Y

     

Y

Y

Y

Y

Y

Y

 

Y

EcoPortal

20

Y

o

Y

o

 

o

  

o

o

o

Y

   

Y

Y

 

Y

EDAM

21

Y

          

Y

Y

Y

 

Y

Y

  

FAIRSharing

22

Y

Y

Y

       

Y

Y

   

Y

Y

  

GO

11

Y

o

o

o

o

o

o

    

Y

Y

Y

Y

    

HL7

23

Y

o

o

       

o

Y

 

Y

  

Y

  

Identifiers.org

24

Y

Y

Y

Y

Y

Y

o

    

Y

Y

Y

Y

Y

Y

Y

 

N2T

25

Y

Y

Y

Y

Y

Y

o

o

   

Y

Y

Y

Y

 

Y

Y

 

NCBI

26

Y

Y

 

Y

        

Y

Y

     

OBO Foundry

27

Y

Y

Y

     

Y

 

Y

Y

Y

Y

Y

Y

Y

Y

 

OLS

28

Y

o

Y

o

 

o

  

Y

o

o

Y

Y

Y

 

Y

Y

 

Y

OntoBee

29

Y

Y

Y

o

 

o

    

Y

 

Y

Y

  

Y

 

Y

Prefix Commons

30

Y

o

o

o

o

o

o

o

   

Y

Y

Y

 

Y

Y

  

re3data

31

Y

Y

Y

     

o

 

o

  

Y

Y

Y

Y

  

UniProt

5

Y

Y

   

Y

     

Y

Y

Y

Y

Y

Y

  

Wikidata

32

Y

o

Y

o

o

o

o

 

o

o

o

Y

Y

Y

Y

Y

Y

  
  1. A “Y” means the field is required. A “o” means it is part of the schema, but not required or incomplete on some entries. A blank cell means that it is not part of the metadata schema. Two glossaries describing the elements in the data model (left) and capabilities and qualities (right) appearing as column headers in this table can be found respectively in Supplementary Sections 3.1 and 8.1.
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