Table 3 Associations of SIX1/SIX6 locus polymorphisms and circumpapillary retinal nerve fibre layer thickness in 32 sectors.

From: Association of SIX1/SIX6 locus polymorphisms with regional circumpapillary retinal nerve fibre layer thickness: The Nagahama study

SNP	RNFL 01	RNFL 02	RNFL 03	RNFL 04	RNFL 05	RNFL 06	RNFL 07	RNFL 08	RNFL 09	RNFL 10	RNFL 11	RNFL 12	RNFL 13	RNFL 14	RNFL 15	RNFL 16
SNP	P*	P*	P*	P*	P*	P*	P*	P*	P*	P*	P*	P*	P*	P*	P*	P*
rs140399719	0.11	0.33	0.14	0.018	0.074	0.51	0.24	0.038	0.016	0.026	0.12	0.80	0.17	0.25	0.33	0.99
rs144039268	0.99	0.87	0.79	0.54	0.33	0.17	0.37	0.62	0.64	0.79	0.26	0.12	0.12	0.29	0.63	0.71
rs148908311	0.31	0.10	0.13	0.22	0.29	0.64	0.050	0.0011	0.022	0.57	0.81	0.29	0.17	0.22	0.68	0.72
rs10138913	0.12	0.060	0.15	0.21	0.45	0.21	0.79	0.058	0.057	0.76	0.12	0.19	0.34	0.68	0.096	0.012
rs33912345	0.14	0.067	0.08	0.054	0.089	0.026	0.57	0.050	0.039	0.54	0.25	0.84	0.70	0.087	0.011	0.0030
rs76172201	0.63	0.46	0.51	0.55	0.30	0.34	0.83	0.46	0.23	0.93	0.94	0.44	0.20	0.23	0.075	0.10
rs17097602	0.19	0.26	0.62	0.80	0.81	0.42	0.43	0.51	0.50	0.80	0.17	0.44	0.60	0.70	0.34	0.14
rs1955691	0.77	0.33	0.25	0.20	0.18	0.54	0.48	0.077	0.08	0.99	0.88	0.53	0.67	0.88	0.31	0.16
rs1010053	0.38	0.57	0.81	0.65	0.74	0.23	0.49	0.69	0.69	0.60	0.56	0.51	0.26	0.072	0.078	0.18
rs12587483	0.27	0.42	0.97	0.91	0.62	0.58	0.60	0.52	0.59	0.73	0.27	0.74	0.96	0.37	0.19	0.16
rs10133871	0.54	0.17	0.084	0.081	0.10	0.35	0.97	0.22	0.16	0.83	0.43	0.18	0.26	0.62	0.68	0.18
rs77636526	0.02	0.064	0.20	0.67	0.88	0.98	0.28	0.78	0.017	0.19	0.98	0.74	0.44	0.07	0.016	0.018
rs79319089	0.38	0.43	0.72	0.96	0.91	0.51	0.23	0.80	0.24	0.60	0.73	0.70	0.98	0.84	0.77	0.96
rs75320987	0.35	0.15	0.12	0.16	0.32	0.82	0.18	0.23	0.87	0.58	0.83	0.23	0.042	0.058	0.29	0.82
rs2057136	0.88	0.39	0.32	0.20	0.13	0.26	0.62	0.21	0.31	0.93	0.84	0.29	0.26	0.78	0.33	0.075
rs117183588	0.024	0.069	0.21	0.65	0.65	0.37	0.32	0.04	0.41	0.58	0.96	0.35	0.08	0.044	0.13	0.59
rs7153648	0.73	0.36	0.33	0.24	0.32	0.83	0.78	0.66	0.74	0.39	0.76	0.93	0.83	0.78	0.14	0.036
rs73309474	0.0098	0.04	0.07	0.18	0.31	0.17	0.58	0.11	0.86	0.89	0.98	0.59	0.28	0.13	0.16	0.45
rs143331462	0.96	0.81	0.35	0.16	0.15	0.31	0.49	0.52	0.38	0.64	0.29	0.34	0.38	0.69	0.71	0.63
rs7143029	0.087	0.036	0.020	0.030	0.044	0.11	0.76	0.58	0.80	0.56	0.68	0.73	0.86	0.87	0.50	0.16
rs12147345	0.070	0.029	0.018	0.023	0.034	0.11	0.75	0.67	0.88	0.48	0.77	0.79	0.86	0.89	0.45	0.14
rs12147346	0.34	0.11	0.070	0.073	0.082	0.27	0.67	0.85	0.94	0.44	0.80	0.67	0.78	0.96	0.39	0.18
rs10137383	0.21	0.14	0.085	0.20	0.19	0.33	0.56	0.55	0.88	0.74	0.48	0.59	0.62	0.81	0.52	0.98
rs12589826	0.28	0.090	0.055	0.056	0.074	0.27	0.60	0.73	0.81	0.36	0.84	0.68	0.79	0.98	0.39	0.18
rs2351179	0.50	0.97	0.96	0.76	0.82	0.95	0.94	0.55	0.34	0.50	0.45	0.42	0.44	0.60	0.28	0.20
rs61991690	0.44	0.80	0.90	0.70	0.54	0.76	0.60	0.98	0.75	0.63	0.13	0.63	0.86	0.80	0.42	0.64
SNP	RNFL 17	RNFL 18	RNFL 19	RNFL 20	RNFL 21	RNFL 22	RNFL 23	RNFL 24	RNFL 25	RNFL 26	RNFL 27	RNFL 28	RNFL 29	RNFL 30	RNFL 31	RNFL 32
SNP	P *	P *	P *	P *	P *	P *	P *	P *	P *	P *	P *	P *	P *	P *	P *	P *
rs140399719	0.96	0.14	0.023	0.031	0.14	0.44	0.85	0.41	0.015	0.0031	0.18	0.99	0.38	0.12	0.89	0.13
rs144039268	0.82	0.58	0.65	0.67	0.45	0.64	0.64	0.26	0.23	0.56	0.68	0.33	0.26	0.28	0.41	0.74
rs148908311	0.82	0.60	0.24	0.21	0.39	0.99	0.49	0.31	0.94	0.28	0.20	0.48	0.80	0.95	0.98	0.66
rs10138913	0.025	0.37	0.86	0.47	0.54	0.94	0.70	0.60	0.018	2.9 × 10 ⁻⁴	0.0035	0.14	0.10	0.088	0.081	0.20
rs33912345	0.019	0.64	0.55	0.79	0.77	0.43	0.23	0.61	0.07	8.1 × 10 ⁻⁵	3.0 × 10 ⁻⁵	0.0027	0.0027	0.012	0.031	0.14
rs76172201	0.10	0.20	0.17	0.29	0.44	0.70	0.72	0.78	0.65	0.73	0.99	0.81	0.52	0.27	0.15	0.22
rs17097602	0.47	0.98	0.77	0.63	0.50	0.85	0.91	0.46	0.034	0.0071	0.069	0.36	0.20	0.20	0.16	0.16
rs1955691	0.045	0.25	1.00	0.67	0.89	0.66	0.71	0.78	0.74	0.25	0.21	0.60	0.83	0.79	0.83	0.79
rs1010053	0.77	0.63	0.66	0.72	0.71	0.63	0.71	0.99	0.082	0.0016	0.0020	0.021	0.023	0.078	0.15	0.18
rs12587483	0.56	0.96	0.92	0.91	0.67	0.93	0.77	0.32	0.010	5.0 × 10 ⁻⁴	0.014	0.26	0.24	0.27	0.23	0.17
rs10133871	0.05	0.32	0.88	0.50	0.96	0.77	0.46	0.67	0.86	0.70	0.68	0.80	0.64	0.55	0.59	0.98
rs77636526	0.12	0.18	0.16	0.10	0.02	0.070	0.41	0.70	0.87	0.93	0.34	0.048	0.043	0.038	0.023	0.029
rs79319089	0.99	0.69	0.52	0.36	0.24	0.45	0.31	0.82	0.92	0.33	0.28	0.56	0.79	0.37	0.19	0.21
rs75320987	0.37	0.94	0.084	0.03	0.18	0.62	0.82	0.85	0.38	0.047	0.044	0.27	0.58	0.61	0.73	0.87
rs2057136	0.016	0.18	0.65	0.21	0.40	0.86	1.00	0.72	0.20	0.036	0.14	0.79	0.86	0.71	0.84	0.66
rs117183588	0.41	0.18	0.36	0.62	0.27	0.49	0.78	0.85	0.58	0.34	0.46	0.48	0.74	0.96	0.51	0.074
rs7153648	0.0029	0.067	0.85	0.37	0.96	0.56	1.00	0.72	0.45	0.13	0.066	0.45	0.54	0.28	0.29	0.90
rs73309474	0.42	0.36	0.77	0.87	0.46	0.62	0.86	0.96	0.74	0.55	0.30	0.15	0.28	0.59	0.23	0.034
rs143331462	0.65	0.56	0.24	0.004	0.0084	0.04	0.029	0.061	0.67	0.27	0.062	0.13	0.069	0.13	0.38	0.80
rs7143029	0.070	0.51	0.96	0.80	0.31	0.23	0.34	0.61	0.45	0.025	0.0013	0.013	0.029	0.033	0.036	0.13
rs12147345	0.070	0.51	0.95	0.78	0.30	0.20	0.32	0.59	0.43	0.019	9.1 × 10 ⁻⁴	0.010	0.024	0.028	0.030	0.11
rs12147346	0.072	0.42	0.92	0.79	0.30	0.29	0.56	0.75	0.51	0.033	0.0036	0.035	0.051	0.038	0.089	0.44
rs10137383	0.93	0.52	0.55	0.82	0.47	0.58	0.22	0.43	0.61	0.44	0.14	0.16	0.30	0.40	0.23	0.21
rs12589826	0.070	0.44	0.93	0.75	0.27	0.30	0.62	0.73	0.55	0.039	0.0042	0.032	0.036	0.022	0.057	0.36
rs2351179	0.094	0.37	0.61	0.26	0.051	0.10	0.17	0.18	0.49	0.51	0.99	0.55	0.37	0.28	0.74	0.32
rs61991690	0.41	0.90	0.76	0.95	0.49	0.50	0.77	0.80	0.53	0.16	0.21	0.34	0.36	0.42	0.35	0.28

SNP, single nucleotide polymorphism; RNFL, retinal nerve fibre layer.
RNFL01–32 starts from the temporal region at 0–11.25° and at 11.25° (=360°/32 sectors) interval (clockwise direction).
*Linear regression analyses were applied assuming additive effect of the per minor allele variant, adjusted for age and sex. Significant (P < 6.0 × 10⁻⁵) or suggestive (<1.6 × 10⁻³) associations are shown in bold.

Back to article page

Table 3 Associations of SIX1/SIX6 locus polymorphisms and circumpapillary retinal nerve fibre layer thickness in 32 sectors.

Search

Quick links