Table 2 Number of differentially expressed genes (DEGs) for each comparison between the transformed cell lines in 11-clusters of gene expression into the 8 + 2 hallmarks of cancer (panels 1 and 3) and percentages of the genetic contribution of each hallmark of cancer to the invasion and metastasis process (panels 2 and 4).

From: Angiogenesis and evading immune destruction are the main related transcriptomic characteristics to the invasive process of oral tongue cancer

	Clusters of gene expression	p-values						q-values
		# of genes			% of contribution			# of genes			% of contribution
		ZsG vs. LN1	LN1 vs. LN2	LN2 vs. LN3	ZsG vs. LN1	LN1 vs. LN2	LN2 vs. LN3	ZsG vs. LN1	LN1 vs. LN2	LN2 vs. LN3	ZsG vs. LN1	LN1 vs. LN2	LN2 vs. LN3
Invasion and metastasis	Exclusive Parental	9	3	1	100,0	100,0	100,0	4	0	0	100,0	100,0	100,0
	Exclusive Derived	3	5	6	100,0	100,0	100,0	3	0	0	100,0	100,0	100,0
	Continuum	381	252	60	100,0	100,0	100,0	269	0	2	100,0	100,0	100,0
	Exclusive Parental DW	144	541	209	100,0	100,0	100,0	135	596	23	100,0	100,0	100,0
	Exclusive Parental UP	149	658	43	100,0	100,0	100,0	131	850	3	100,0	100,0	100,0
	Exclusive Derived DW	253	235	343	100,0	100,0	100,0	255	8	323	100,0	100,0	100,0
	Exclusive Derived UP	500	42	645	100,0	100,0	100,0	494	1	638	100,0	100,0	100,0
	Common DW	42	76	86	100,0	100,0	100,0	33	8	12	100,0	100,0	100,0
	Common UP	24	37	20	100,0	100,0	100,0	15	9	1	100,0	100,0	100,0
	Common Parental DW Derived UP	453	28	300	100,0	100,0	100,0	378	4	18	100,0	100,0	100,0
	Common Parental UP Derived DW	343	287	44	100,0	100,0	100,0	319	35	10	100,0	100,0	100,0
Proliferative signaling	Exclusive Parental	2	1	0	100,0	100,0	0,0	2	0	0	100,0	0,0	0,0
	Exclusive Derived	1	2	3	0,0	100,0	100,0	1	0	0	0,0	0,0	0,0
	Continuum	185	125	23	70,8	75,2	78,3	134	0	1	72,4	0,0	0,0
	Exclusive Parental DW	85	236	110	87,1	69,1	70,0	77	265	15	87,0	67,2	73,3
	Exclusive Parental UP	90	367	23	67,8	73,0	82,6	77	514	2	68,8	74,1	100,0
	Exclusive Derived DW	115	125	207	71,3	64,8	75,8	114	8	202	70,2	62,5	77,7
	Exclusive Derived UP	292	23	329	71,6	87,0	69,6	302	1	347	72,2	0,0	67,4
	Common DW	26	39	66	73,1	53,8	68,2	22	6	12	72,7	50,0	58,3
	Common UP	17	25	13	64,7	88,0	76,9	14	7	1	64,3	100,0	100,0
	Common Parental DW Derived UP	267	17	161	78,3	76,5	65,2	227	2	12	78,0	100,0	91,7
	Common Parental UP Derived DW	149	181	29	63,1	74,0	89,7	139	26	7	63,3	73,1	85,7
Evading growth suppressors	Exclusive Parental	0	2	0	0,0	100,0	0,0	0	0	0	0,0	0,0	0,0
	Exclusive Derived	1	0	3	100,0	0,0	100,0	1	0	0	100,0	0,0	0,0
	Continuum	143	98	19	74,8	76,5	73,7	101	0	1	76,2	0,0	0,0
	Exclusive Parental DW	63	160	89	92,1	76,9	73,0	54	179	10	90,7	76,0	80,0
	Exclusive Parental UP	70	266	16	64,3	71,8	87,5	60	378	1	65,0	73,3	100,0
	Exclusive Derived DW	85	97	154	75,3	67,0	74,7	86	6	143	77,9	66,7	77,6
	Exclusive Derived UP	222	15	230	71,2	86,7	72,2	231	1	240	71,9	0,0	69,2
	Common DW	15	23	43	73,3	56,5	72,1	13	4	7	69,2	50,0	71,4
	Common UP	12	18	8	58,3	94,4	87,5	10	4	0	60,0	100,0	0,0
	Common Parental DW Derived UP	182	10	114	78,0	80,0	64,9	158	1	10	78,5	100,0	90,0
	Common Parental UP Derived DW	90	136	19	73,3	75,0	89,5	86	17	5	74,4	82,4	80,0
Resisting cell death	Exclusive Parental	0	3	0	0,0	100,0	0,0	0	0	0	0,0	0,0	0,0
	Exclusive Derived	1	2	2	100,0	50,0	100,0	1	0	0	100,0	0,0	0,0
	Continuum	232	137	28	67,2	70,1	75,0	164	0	0	68,3	0,0	0,0
	Exclusive Parental DW	65	236	115	78,5	64,4	76,5	67	264	12	71,6	63,3	58,3
	Exclusive Parental UP	103	304	16	57,3	72,4	93,8	94	436	1	55,3	75,0	100,0
	Exclusive Derived DW	111	157	177	63,1	66,2	74,6	109	7	163	64,2	42,9	75,5
	Exclusive Derived UP	240	13	331	76,7	100,0	64,7	260	1	357	76,2	100,0	60,8
	Common DW	20	33	40	70,0	57,6	85,0	16	2	7	62,5	100,0	71,4
	Common UP	17	23	8	70,6	73,9	75,0	11	3	0	72,7	100,0	0,0
	Common Parental DW Derived UP	214	9	188	72,4	66,7	62,8	181	1	4	73,5	100,0	75,0
	Common Parental UP Derived DW	151	164	21	62,3	76,8	71,4	143	14	4	63,6	71,4	100,0
Replicative immortality	Exclusive Parental	0	0	0	0,0	0,0	0,0	0	0	0	0,0	0,0	0,0
	Exclusive Derived	0	0	1	0,0	0,0	100,0	0	0	0	0,0	0,0	0,0
	Continuum	136	85	17	58,1	63,5	70,6	95	0	1	58,9	0,0	0,0
	Exclusive Parental DW	43	190	63	81,4	57,9	61,9	38	212	6	73,7	57,5	83,3
	Exclusive Parental UP	68	199	11	47,1	60,8	72,7	59	278	1	44,1	60,8	100,0
	Exclusive Derived DW	90	83	101	55,6	51,8	69,3	94	3	97	57,4	33,3	72,2
	Exclusive Derived UP	170	10	233	58,2	70,0	53,6	246	1	235	56,9	0,0	51,1
	Common DW	9	19	27	55,6	52,6	77,8	10	1	4	50,0	100,0	50,0
	Common UP	11	11	9	63,6	81,8	77,8	9	2	0	44,4	100,0	0,0
	Common Parental DW Derived UP	123	10	104	65,9	60,0	46,2	114	0	6	67,5	0,0	100,0
	Common Parental UP Derived DW	117	98	11	58,1	59,2	63,6	110	12	2	59,1	83,3	50,0
Energy metabolism	Exclusive Parental	4	0	2	25,0	0,0	0,0	2	0	1	50,0	0,0	0,0
	Exclusive Derived	3	3	2	33,3	66,7	50,0	3	0	0	33,3	0,0	0,0
	Continuum	338	200	56	51,2	58,0	53,6	232	0	5	51,3	0,0	20,0
	Exclusive Parental DW	120	626	147	59,2	48,7	54,4	115	674	22	60,0	47,9	59,1
	Exclusive Parental UP	137	558	29	48,2	61,5	69,0	121	701	1	47,1	60,1	100,0
	Exclusive Derived DW	291	183	294	47,8	49,7	58,2	299	13	275	49,2	38,5	56,7
	Exclusive Derived UP	374	31	638	64,4	58,1	53,0	359	1	612	64,6	0,0	53,6
	Common DW	30	61	75	56,7	36,1	49,3	27	4	10	51,9	0,0	20,0
	Common UP	24	29	13	58,3	62,1	69,2	17	4	1	47,1	100,0	0,0
	Common Parental DW Derived UP	379	22	221	59,4	50,0	56,1	325	1	11	55,1	100,0	72,7
	Common Parental UP Derived DW	386	203	39	46,1	64,0	46,2	358	26	4	45,3	61,5	100,0
Other cancer types	Exclusive Parental	2	0	0	50,0	0,0	50,0	1	0	0	0,0	0,0	0,0
	Exclusive Derived	2	0	2	0,0	0,0	0,0	0	0	0	0,0	0,0	0,0
	Continuum	85	65	20	61,2	69,2	68,0	68	0	0	64,7	0,0	0,0
	Exclusive Parental DW	32	100	43	68,8	61,0	73,7	27	115	6	70,4	59,1	100,0
	Exclusive Parental UP	30	180	10	60,0	71,7	66,7	26	253	2	57,7	70,8	100,0
	Exclusive Derived DW	47	52	88	63,8	57,7	66,7	47	1	93	63,8	100,0	73,1
	Exclusive Derived UP	148	9	137	74,3	55,6	75,8	152	0	158	77,0	0,0	58,2
	Common DW	15	15	24	73,3	40,0	64,7	12	1	2	50,0	0,0	50,0
	Common UP	6	9	2	33,3	77,8	42,9	7	2	0	57,1	100,0	0,0
	Common Parental DW Derived UP	127	5	71	60,6	80,0	62,2	108	0	6	19,4	0,0	83,3
	Common Parental UP Derived DW	61	94	8	50,8	69,1	54,3	58	12	0	56,9	83,3	0,0
Chronic diseases	Exclusive Parental	4	1	0	75,0	100,0	0,0	3	0	0	100,0	0,0	0,0
	Exclusive Derived	1	1	2	100,0	100,0	50,0	1	0	1	100,0	0,0	0,0
	Continuum	172	128	27	65,1	68,8	59,3	130	0	0	65,4	0,0	0,0
	Exclusive Parental DW	98	245	80	67,3	50,6	75,0	88	268	6	73,9	50,4	83,3
	Exclusive Parental UP	87	353	23	62,1	70,3	60,9	84	456	0	58,3	71,9	0,0
	Exclusive Derived DW	115	100	176	53,0	74,0	70,5	114	3	172	50,9	100,0	72,1
	Exclusive Derived UP	249	29	343	75,1	58,6	58,3	258	1	331	76,0	0,0	63,1
	Common DW	24	32	47	62,5	53,1	72,3	20	5	7	60,0	20,0	28,6
	Common UP	15	20	9	66,7	80,0	66,7	10	4	1	70,0	75,0	0,0
	Common Parental DW Derived UP	239	13	133	69,9	61,5	71,4	203	2	6	67,5	100,0	100,0
	Common Parental UP Derived DW	151	133	29	47,0	75,9	72,4	142	11	6	48,6	72,7	83,3
Angiogenesis	Exclusive Parental	2	2	0	100,0	100,0	0,0	2	0	0	100,0	0,0	0,0
	Exclusive Derived	1	3	0	100,0	100,0	0,0	1	0	0	100,0	0,0	0,0
	Continuum	118	81	19	82,2	87,7	89,5	84	0	1	82,1	0,0	0,0
	Exclusive Parental DW	71	178	61	88,7	73,0	83,6	67	189	8	92,5	75,1	100,0
	Exclusive Parental UP	43	297	20	86,0	85,2	100,0	40	387	3	82,5	85,3	100,0
	Exclusive Derived DW	93	57	169	77,4	91,2	85,2	88	5	162	73,9	100,0	87,7
	Exclusive Derived UP	210	18	233	83,8	94,4	78,1	213	2	234	85,4	50,0	82,1
	Common DW	24	21	45	91,7	90,5	86,7	20	4	7	90,0	75,0	85,7
	Common UP	12	24	13	75,0	91,7	92,3	8	9	3	75,0	88,9	33,3
	Common Parental DW Derived UP	219	12	94	87,2	100,0	90,4	188	2	7	86,2	100,0	100,0
	Common Parental UP Derived DW	95	122	21	71,6	86,1	95,2	84	13	7	72,6	92,3	100,0
Evading immune destruction	Exclusive Parental	2	3	0	50,0	100,0	0,0	1	0	0	0,0	0,0	0,0
	Exclusive Derived	2	2	2	100,0	100,0	100,0	2	0	0	100,0	0,0	0,0
	Continuum	211	137	32	80,6	85,4	96,9	152	0	0	82,2	0,0	0,0
	Exclusive Parental DW	92	301	122	87,0	86,0	75,4	86	330	7	87,2	83,0	85,7
	Exclusive Parental UP	83	404	21	79,5	89,6	81,0	75	533	1	81,3	89,3	100,0
	Exclusive Derived DW	157	114	219	80,9	82,5	89,0	150	4	215	82,0	75,0	87,4
	Exclusive Derived UP	287	27	368	90,9	81,5	86,7	284	2	336	89,8	50,0	87,8
	Common DW	20	43	55	90,0	67,4	94,5	15	1	6	86,7	100,0	100,0
	Common UP	15	26	9	86,7	88,5	100,0	9	6	2	88,9	100,0	50,0
	Common Parental DW Derived UP	283	13	135	88,7	76,9	85,9	243	2	9	88,5	100,0	88,9
	Common Parental UP Derived DW	185	165	35	84,3	89,1	82,9	173	17	7	83,8	88,2	100,0

DW: down regulated; UP: up regulated, for Clusters of Gene Expression.

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