Table 1 Growth patterns observed on colistin plates for Ecl8 cultures C1 and C2.

	Culture	Day	Colistin concentration (µg/ml)^a								SNPs detected compared to D0 (grown + col)
	Culture	Day	1	2	4	8	16	32	64	128	Gene	Position in gene	Ref	SNP	aa change	Proportion population (%)^b
C1	+col	D0	+++	+++	++	−	−	−	−	−	−	−	−	−	−	−
		D1	+++	+++	+++	+++	+++	+++	+++	+
		D2	+++	+++	+++	+++	+++	+++	+++	+++
		D3	+++	+++	+++	+++	+++	+++	+++	+++	phoQ ^c	136	T	C	K46Q	100
		D4	+++	+++	+++	+++	+++	+++	+++	+++
		D5	+++	+++	+++	+++	+++	+++	+++	+++	phoQ ^c	136	T	C	K46Q	100
C1	no col	D6	+++	+++	+++	+++	+++	+++	+++	+++
		D7	+++	+++	+++	+++	+++	+++	+++	+++
		D8	+++	+++	+++	+++	+++	+++	+++	+++
		D9	+++	+++	+++	+++	+++	+++	+++	+++
		D10	+++	+++	+++	+++	+++	+++	+++	+++	phoQ ^c	136	T	C	K46Q	100
C2	+ col	D0	+++	+++	++	−	−	−	−	−	−	−	−	−	−	−
		D1	+++	+++	+++	+++	+	−	−	−
		D2	+++	+++	+++	+	−	−	−	−
		D3	+++	+++	+++	+++	+++	+++	−	−	crrB ^d,e	278	G	A	S93N	71.8, 71.9
		D4	+++	+++	+++	+++	+++	+++	+++	+++
		D5	+++	+++	+++	+++	+++	+++	+++	+++	crrB ^d	470	G	A	G157A	61.5, 62.2
											crrB ^d	23	G	C	S8N	23.8, 37.1
C2	no col	D6	+++	+++	+++	+++	+++	+++	−	−
		D7	+++	+++	++	−	−	−	−	−
		D8	+++	+++	++	−	−	−	−	−	none

^aBacterial growth levels in 10 μl spot denoted by: +++ = lawn growth; ++ = 20–100 colonies; + = 4–20 colonies.
^bResults for SNP analysis of DNA from the duplicate cultures are given.
^cAlso detected when grown without colistin selection.
^dNot detected when grown without colistin selection.
^eAnnotated as “rstA regulator” or BN373_26561 (from positions 2777167–2778228 in Ecl8).
NB: The bold represent when the samples were extracted for sequencing.

Quick links

Search