Table 3 Non-synonymous SNPs detected in the 73 genes related to antibiotic resistance in the 22 isolates studied using PAO1 as the reference genome.

From: Comparative genomics of clinical strains of Pseudomonas aeruginosa strains isolated from different geographic sites

Gene locus

Gene name

Mechanism

P. aeruginosa strains/number of SNPs

PA31

PA32

PA33

PA34

PA35

PA37

PA82

PA17

PA40

PA149

PA157

PA171

PA175

PA55

PA57

PA59

PA64

PA66

PA86

PA92

PA100

PA102

Total SNPs

PA0156

triA

Antibiotic efflux

4

5

5

1

6

5

4

1

 

1

  

3

 

1

      

1

37

PA0157

triB

  

1

   

1

1

 

2

1

   

1

1

1

1

1

1

1

1

14

PA0158

triC

2

2

2

1

2

2

1

  

1

  

1

 

3

      

1

18

PA0424

mexR

2

1

1

2

1

1

1

     

1

 

2

       

12

PA0425

mexA

        

1

 

1

 

1

  

1

 

1

1

 

1

 

7

PA0426

mexB

1

1

2

 

1

4

        

2

 

1

  

1

  

13

PA0427

oprM

         

1

1

    

1

 

1

1

   

5

PA1236

farB

1

1

1

1

1

1

1

1

  

1

     

1

  

1

  

11

PA1282

lrfA

6

6

9

4

6

8

6

8

5

5

6

4

4

 

7

3

4

3

3

4

3

4

108

PA1316

lrfA

2

2

2

1

2

2

3

3

2

1

3

2

3

 

3

2

2

2

2

2

2

4

47

PA1435

mexM

4

4

4

5

4

4

3

4

6

5

6

6

5

 

8

5

5

5

5

5

4

5

102

PA1436

mdtC

2

2

2

1

2

2

2

3

2

 

3

2

2

  

2

2

2

2

2

2

4

41

PA1754

cysB

                    

1

 

1

PA2018

mexY

5

5

5

5

5

5

3

1

1

1

4

1

3

 

3

1

1

1

1

1

1

2

55

PA2019

mexX

4

4

4

4

4

4

5

3

4

5

3

3

3

 

6

3

4

3

3

4

3

4

80

PA2389

macA

2

1

1

1

1

1

1

 

1

 

1

1

1

 

1

1

 

1

1

 

1

1

18

PA2390

macB

1

1

1

3

1

1

2

1

3

2

3

1

1

 

3

1

2

1

1

2

1

3

35

PA2391

opmQ

6

5

6

4

6

6

4

1

3

2

1

2

4

 

5

4

5

4

4

5

3

1

81

PA2491

mexS

2

2

2

1

2

2

2

1

1

1

1

1

1

 

4

2

2

2

2

1

1

1

34

PA2493

mexE

   

1

   

1

   

1

3

 

2

1

2

1

1

1

  

14

PA2494

mexF

   

1

  

1

       

2

       

4

PA2495

oprN

1

1

1

2

1

1

1

 

1

1

  

1

 

2

 

1

  

1

  

15

PA2525

adeC

   

3

     

5

1

 

1

 

2

2

  

2

 

3

1

20

PA2526

muxC

        

1

  

1

  

1

1

 

1

1

   

6

PA2527

muxB

   

1

    

2

   

1

         

4

PA2837

opmA

3

3

3

4

3

3

5

 

1

1

 

3

4

 

6

2

1

2

2

1

1

2

50

PA3019

taeA

1

1

1

3

1

1

1

1

1

2

2

2

2

 

4

1

1

1

1

1

3

1

32

PA3137

farB

1

1

1

1

1

1

 

1

2

 

2

2

2

 

2

1

1

1

1

1

1

1

24

PA3521

opmE

3

3

3

2

3

3

2

3

5

6

4

2

3

 

11

3

5

3

3

5

3

2

77

PA3522

mexQ

4

4

4

4

4

4

6

4

5

2

2

3

3

 

3

4

6

4

4

5

2

3

80

PA3523

mexP

2

2

2

1

2

2

2

3

2

 

2

1

2

 

3

 

3

  

3

2

2

36

PA3574

nalD

       

1

   

1

    

3

     

5

PA3676

mexK

1

1

1

2

1

1

5

1

2

 

2

2

3

 

6

4

2

4

4

2

2

2

48

PA3677

mexJ

2

2

2

2

2

2

2

  

1

  

2

 

3

3

3

3

3

3

1

 

36

PA3678

mexL

1

1

1

1

1

1

1

1

 

1

1

 

1

 

2

2

1

2

2

1

  

21

PA3894

adeC

   

1

  

1

  

1

1

1

  

2

2

1

2

2

1

1

 

16

PA4205

mexG

1

1

1

 

1

1

1

       

3

       

9

PA4206

mexH

1

1

1

2

1

1

      

1

 

1

       

9

PA4207

mexI

1

1

1

1

1

1

1

1

  

1

1

1

  

1

1

1

1

1

  

16

PA4208

opmD

3

3

3

3

3

3

2

5

1

1

  

4

 

6

      

1

38

PA4374

mexV

2

2

2

4

2

2

3

 

2

1

1

2

2

 

4

1

2

1

1

2

1

3

40

PA4375

mexW

2

2

2

1

2

2

3

3

1

2

3

1

1

 

2

1

1

1

1

1

  

32

PA4595

yjjk

   

1

   

1

 

2

 

1

2

 

1

3

1

2

1

1

 

1

17

PA4597

oprJ

       

2

2

2

2

   

9

3

3

5

3

3

3

 

37

PA4598

mexD

2

2

2

2

2

2

2

3

2

2

1

3

2

 

9

2

1

2

2

1

2

3

49

PA4599

mexC

7

8

8

3

8

8

6

4

1

4

 

1

5

 

9

1

 

1

1

 

4

4

83

PA4600

nfxB

          

1

   

1

       

2

PA4974

opmH

2

1

1

1

5

5

  

1

  

2

1

 

5

1

5

1

1

3

4

 

39

PA4990

emrE

1

1

1

 

1

2

   

1

      

1

  

1

  

9

PA4997

msbA

2

3

3

2

2

3

4

     

4

 

3

 

1

  

1

 

1

29

PA5158

adeC

3

3

3

 

3

3

3

2

2

1

2

 

3

 

5

3

3

3

 

3

2

1

48

PA5160

farB

4

3

3

2

4

3

5

3

3

3

3

3

3

 

3

3

4

3

 

3

4

3

65

PA5518

rosB

3

3

3

2

3

3

3

    

1

1

 

1

1

1

1

 

1

1

1

29

PA0706

catB7

Antibiotic inactivation

4

4

4

5

4

4

3

3

2

2

2

3

4

 

1

2

4

2

2

4

3

3

65

PA1129

fosA

        

1

     

2

       

3

PA4109

ampR

2

2

2

3

2

2

1

    

2

2

 

3

       

21

PA4110

ampC

5

5

5

3

5

5

6

1

2

2

2

2

5

 

12

1

1

1

1

1

2

2

69

PA4119

Aph(3′)-IIb

2

2

2

3

2

2

2

1

1

1

1

4

  

3

 

1

  

1

1

2

31

PA5514

OXA-50

1

2

 

1

3

2

5

2

3

 

2

3

3

 

4

1

3

1

 

3

 

4

43

PA0004

gyrB

Antibiotic target alternation

                 

1

3

1

  

5

PA0903

alaS

1

1

1

1

1

1

1

 

1

      

1

 

1

1

 

2

 

13

PA1972

pmrC

3

3

3

3

3

3

1

1

1

4

1

1

2

 

3

2

3

2

2

3

4

1

49

PA3002

mfd

1

2

2

3

2

2

1

1

1

 

2

 

1

 

2

1

2

1

1

2

  

27

PA3168

gyrA

1

1

1

 

1

1

      

2

 

2

 

1

    

1

11

PA3946

rosC

6

8

8

3

7

6

1

1

1

1

2

2

   

1

2

1

1

2

2

1

56

PA4265

tufA

1

    

1

                

2

PA4277

tufB

                      

0

PA4560

ileS

2

2

2

2

2

2

2

1

4

2

1

1

2

 

4

2

4

2

2

4

3

1

47

PA4964

parC

2

2

2

 

2

2

  

1

   

1

 

1

       

13

PA4967

parE

1

1

1

1

1

1

2

1

    

1

 

1

1

1

1

1

2

 

1

18

PA3553

pmrF

              

3

1

 

1

1

 

1

 

7

PA3554

arnA

2

4

4

5

4

4

3

2

3

 

3

 

4

 

6

 

2

  

2

3

4

55

PA0920

mprF

6

6

6

4

6

6

9

 

2

1

1

2

7

 

8

2

1

2

2

1

2

2

76

  

Total SNPs

137

140

144

124

146

150

136

82

89

79

83

77

125

0

217

88

109

88

81

101

87

86

 
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