Table 3 Thermal profiles and primers used for quantitative polymerase chain reaction (qPCR) of different functional genes.
Target group | Thermal profile | Primers† | Primer sequence‡ (5′-3′) | Fragment length/bp | Reference |
|---|---|---|---|---|---|
Bac-amoA | 95 °C, 2 m; 95 °C, 5 s, 55 °C, 30 s, 72 °C, 10 s, 40 cycles; 95 °C, 15 s, 60 °C, 15 s, 95 °C, 15 s | 1 F 2 R | GGGGTTTCTACTGGTGGT CCCCTCKGSAAAGCCTTCTTC | 491 | |
Arch-amoA | 95 °C, 2 m; 95 °C, 5 s, 55 °C, 30 s, 72 °C, 10 s, 40 cycles; 95 °C, 15 s, 60 °C, 15 s, 95 °C, 15 s | 23 F 616 R | ATGGTCTGGCTWAGACG GCCATCCATCTGTATGTCCA | 624 | |
narG | 95 °C, 30 s; 95 °C, 5 s, 60 °C, 30 s, 72 °C, 10 s, 40 cycles; 95 °C, 15 s, 60 °C, 15 s, 95 °C, 15 s | 571 F 773 R | CCGATYCCGGCVATGTCSAT GGNACGTTNGADCCCCA | 203 | |
nirK | 95 °C, 30 s; 95 °C, 5 s, 60 °C, 30 s, 72 °C, 10 s, 40 cycles; 95 °C, 15 s, 60 °C, 15 s, 95 °C, 15 s | 876 F 1055 R | ATYGGCGGVCAYGGCGA GCYTCGATCAGRTTRTGGTT | 165 | |
nirS | 95 °C, 30 s; 95 °C, 5 s, 60 °C, 30 s, 72 °C, 10 s, 40 cycles; 95 °C, 15 s, 60 °C, 15 s, 95 °C, 15 s | cd3aF R3cd | GTSAACGTSAAGGARACSGG GASTTCGGRTGSGTCTTGA | 425 | |
nosZ | 95 °C, 30 s; 95 °C, 5 s, 60 °C, 30 s, 72 °C, 10 s, 40 cycles; 95 °C, 15 s, 60 °C, 15 s, 95 °C, 15 s | 1126 F 1381 R | GGGCTBGGGCCRTTGCA GAAGCGRTCCTTSGARAACTTG | 256 |
