Table 2 Properties of non-typeable S. pneumoniae and other strains with unusual results when tested by real-time PCR for lytA, piaB, and SP2020.
From: Identification of Streptococcus pneumoniae by a real-time PCR assay targeting SP2020
Strain | Species classificationa (serotype) | Real-time PCR (CT)b | MLST allelic profilec | ST | ||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
lytA | piaB | SP2020 | aroE | ddl | gdh | gki | recP | spi | xpt | |||
DCC1365 | S. pneumoniae (NT) | 21 | 37 | 21 | 8 | 53 | 37 | 9 | 29 | 2 | 12 | 344 |
DCC635 | S. pneumoniae (NT) | 23 | NA | 23 | 8 | 53 | 37 | 9 | 29 | 2 | 12 | 344 |
DCC646 | S. pneumoniae (NT) | 23 | NA | 21 | 8 | 53 | 37 | 9 | 29 | 2 | 12 | 344 |
PT526b | S. pneumoniae (NT) | 23 | 39 | 23 | 8 | 53 | 37 | 9 | 29 | 2 | 12 | 344 |
PT1493 | S. pneumoniae (NT) | 20 | 24 | 21 | 2 | 164 | 13 | 2 | 29 | 91 | 19 | 1617 |
PT1683 | S. pneumoniae (NT) | 21 | 22 | 21 | 7 | 1 | 11 | 10 | 1 | 6 | 8 | 156 |
PT1718 | S. pneumoniae (NT) | 22 | NA | 22 | 70 | 59 | 10 | 15 | 16 | 2 | 105 | 1540 |
PT1804b | S. pneumoniae (NT) | 22 | NA | 22 | 8 | 26 | 74 | 19 | 15 | 6 | 40 | 888 |
PT2293b | S. pneumoniae (NT) | 21 | NA | 21 | 8 | 53 | 37 | 9 | 29 | 2 | 12 | 344 |
PT3201 | S. pneumoniae (NT) | 21 | 26 | 22 | 2 | 141 | 13 | 2 | 29 | 91 | 19 | 1153 |
PT4014 | S. pneumoniae (NT) | 20 | 26 | 22 | 2 | 141 | 13 | 2 | 29 | 91 | 19 | 1153 |
PT4222 | S. pneumoniae (NT) | 20 | 26 | 21 | 2 | 59 | 13 | 2 | 29 | 91 | 19 | 1156 |
WL1084 | S. pneumoniae (NT) | 21 | 37 | 23 | 8 | 71 | 5 | 2 | 27 | 2 | 11 | 448 |
WL1514 | S. pneumoniae (NT) | 23 | NA | 25 | 8 | 53 | 37 | 9 | 29 | 2 | 12 | 344 |
ATCC BAA-342 | S. pneumoniae (6B) | 20 | NA | 22 | 7 | 67 | 6 | 9 | 2 | 6 | 1 | 384 |
EL2652N1 | S. pseudopneumoniae | NA | 24 | NA | 103 | 656 | 477 (98) | 250 (97) | 264 (97) | 313 (99) | 595 (95) | — |
Spain939 | S. pseudopneumoniae | NA | 26 | NA | 427 | 751 (97) | 492 | 345 (99) | 139 (98) | 442 (99) | 105 (99) | — |
Spain2270 | S. pseudopneumoniae | 24 | NA | NA | 427 | 447 (97) | 381 (98) | 197 (94) | 373 | 442 (99) | 735 (96) | — |
Spain9880 | S. pseudopneumoniae | 24 | NA | NA | 427 | 447 (97) | 381 (98) | 197 (94) | 373 | 442 (99) | 735 (96) | — |
Spain3473 | S. pseudopneumoniae/S.mitis | NA | NA | 23 | 427 | 751 (97) | 40 | 382 (99) | 29 | 442 (99) | 105 (99) | — |
