Table 3 HyDe inferences of hybridization in the Rhizoplaca melanophthalma species complex.

From: Genome-scale data reveal the role of hybridization in lichen-forming fungi

P1

Hybrid

P2

Z-score

P-value

Gamma

R. arbuscula

R. shushanii

R. melanophthalma

13.49

0

0.81

R. parilis

R. shushanii

R. melanophthalma

13.15

0

0.81

R. melanophthalma

R. shushanii

R. porteri

12.86

0

0.82

R. haydenii

R. shushanii

R. melanophthalma

11.74

0

0.82

R. ‘715f’

R. shushanii

R. melanophthalma

11.26

0

0.19

R. arbuscula

R. haydenii

R. parilis

5.14

1.35E-07

0.90

R. arbuscula

R. haydenii

R. porteri

5.01

2.67E-07

0.77

R. arbuscula

R. haydenii

R. ‘715f’

2.82

0.002

0.03

R. shushanii

R. arbuscula

R. ‘715f’

2.81

0.002

0.04

R. arbuscula

R. ‘715f’

R. parilis

2.79

0.003

0.93

R. arbuscula

R. ‘715f’

R. porteri

2.48

0.007

0.85

R. shushanii

R. arbuscula

R. haydenii

2.45

0.007

0.03

R. arbuscula

R. ‘715f’

R. melanophthalma

2.39

0.008

0.98

R. arbuscula

R. parilis

R. parilis

2.38

0.009

0.91

R. parilis

R. haydenii

R. porteri

2.27

0.012

0.08

R. arbuscula

R. haydenii

R. melanophthalma

2.23

0.013

0.98

R. shushanii

R. parilis

R. haydenii

2.22

0.013

0.10

R. parilis

R. ‘715f’

R. melanophthalma

2.22

0.013

0.97

R. shushanii

R. arbuscula

R. porteri

2.18

0.015

0.05

R. shushanii

R. parilis

R. ‘715f’

2.08

0.019

0.10

R. shushanii

R. parilis

R. porteri

2

0.023

0.10

R. melanophthalma

R. ‘715f’

R. porteri

1.9

0.029

0.02

R. ‘715f’

R. haydenii

R. porteri

1.79

0.037

0.98

R. parilis

R. haydenii

R. ‘715f’

1.72

0.043

0.01

  1. Only putative hybridization events with P-values <0.05 are indicated; results are sorted according the highest Z-scores, and Z-scores >3 are in bold text. ‘P1’ corresponds to an initial donor species, ‘Hybrid’ represents the species containing putatively introgressed loci, and ‘P2’ is a second hybridizing donor. The gamma parameter is an estimate the amount of admixture/introgression from P2 into the hybrid.