Table 1 Correlation analysis between GARS1 and markers of immune cells in BLCA patients in TIMER2 and GEPIA2.

From: Multiple omics integrative analysis identifies GARS1 as a novel prognostic and immunological biomarker: from pan-cancer to bladder cancer

Cell type	Gene marker	None Cor	p	Purity Cor	p	Tumor R	p	Normal R	p
B cell	CD19	0.118	*	0.01	0.85	− 0.025	0.62	0.48	*
	CD20 (KRT20)	− 0.137	**	− 0.061	0.246	− 0.055	0.27	0.21	0.4
	CD38	0.318	***	0.213	***	0.062	0.21	0.42	0.073
CD8+ T cell	CD8A	0.233	***	0.108	*	0.096	0.055	0.21	0.38
CD8+ T cell	CD8B	0.192	***	0.11	*	0.41	*	0.28	0.25
Tfh	BCL6	− 0.22	***	− 0.195	***	− 0.16	**	− 0.36	0.13
	ICOS	0.252	***	0.124	*	0.077	0.12	0.53	*
	CXCR5	0.09	0.0708	− 0.07	0.183	0.1	*	0.45	0.056
Th1	T-bet (TBX21)	0.199	***	0.064	0.22	0.08	0.11	0.36	0.13
	STAT4	0.213	***	0.081	0.119	0.076	0.13	0.27	0.27
	IL12RB2	0.369	***	0.305	***	0.079	0.11	0.31	0.2
	WSX1 (IL27RA)	0.357	***	0.302	***	0.17	***	0.46	*
	STAT1	0.369	***	0.293	***	0.049	0.32	− 0.051	0.84
	IFN-γ (IFNG)	0.23	***	0.138	**	0.13	**	− 0.19	0.43
	TNF-α (TNF)	0.225	***	0.145	**	0.11	*	0.064	0.79
Th2	GATA3	− 0.244	***	− 0.174	***	− 0.0075	0.88	− 0.16	0.52
	CCR3	0.142	**	0.108	0.0386	0.1	*	0.27	0.27
	STAT6	− 0.198	***	− 0.171	***	− 0.25	***	− 0.7	***
	STAT5A	0	0.999	− 0.094	0.0702	− 0.089	0.075	− 0.37	0.12
Th9	TGFBR2	0.176	***	0.116	*	0.037	0.45	− 0.53	*
	IRF4	0.171	***	− 0.001	0.983	− 0.015	0.77	0.36	0.13
	PU.1 (SPI1)	0.259	***	0.127	*	0.17	***	0.24	0.31
Th17	STAT3	0.272	***	0.208	***	− 0.098	*	− 0.33	0.17
	IL-21R	0.247	***	0.114	*	0.051	0.31	0.48	*
	IL-23R	− 0.068	0.172	− 0.123	*	− 0.069	0.17	0.22	0.36
	IL-17A	− 0.0029	0.553	− 0.038	0.462	− 0.0069	0.89	0.021	0.93
Th22	CCR10	− 0.059	0.236	− 0.07	0.181	0.019	0.71	0.062	0.8
Th22	AHR	− 0.033	0.51	0.015	0.774	0.073	0.14	− 0.25	0.3
Treg	FOXP3	0.255	***	0.145	**	0.084	0.093	0.51	*
	CD25 (IL2RA)	0.351	***	0.264	***	0.14	**	0.21	0.39
	CCR8	0.275	***	0.174	***	− 0.0069	0.89	0.4	0.093
T cell exhaustion	PD-1 (PDCD1)	0.195	***	0.053	0.313	0.065	0.19	0.44	0.061
	CTLA4	0.223	***	0.084	0.106	0.15	**	0.48	*
	LAG3	0.302	***	0.193	***	0.18	***	0.34	0.15
	TIM-3 (HAVCR2)	0.34	***	0.235	***	0.18	***	0.14	0.58
Macrophage	CD68	0.226	***	0.13	*	0.078	0.12	0.2	0.42
Macrophage	CD11b (ITGAM)	0.29	***	0.19	***	0.004	0.94	− 0.15	0.55
M1	INOS (NOS2)	0.097	0.0512	0.08	0.127	− 8.80E−05	1	6.80E−02	0.78
	IRF5	− 0.128	**	− 0.135	**	− 0.045	0.36	0.18	0.47
	COX2 (PTGS2)	0.057	0.249	0.012	0.816	− 0.0043	0.93	− 0.19	0.44
M2	CD16	0.393	***	0.313	***	0.15	**	0.0035	0.99
	ARG1	− 0.046	0.354	0.013	0.8	− 0.014	0.78	0.47	*
	MRC1	0.354	***	0.277	***	0.12	*	− 0.32	0.19
	MS4A4A	0.358	***	0.268	***	0.22	***	− 0.3	0.21
TAM	CCL2	0.259	***	0.143	**	0.18	**	− 0.094	0.7
	CD80	0.358	***	0.271	***	0.15	**	0.34	0.16
	CD86	0.342	***	0.251	***	0.2	***	0.24	0.33
	CCR5	0.269	***	0.146	**	0.095	0.055	0.34	0.15
Monocyte	CD14	0.327	***	0.226	***	0.18	***	0.0061	0.98
	CD16 (FCGR3B)	0.219	***	0.153	**	0.011	0.83	0.059	0.81
	CD115 (CSF1R)	0.293	***	0.174	***	0.18	***	− 0.18	0.47
Neutrophil	CD66b (CEACAM8)	0.001	0.987	0.03	0.57	− 0.052	0.29	0.2	0.41
	CD15 (FUT4)	0.302	***	0.248	***	0.018	0.72	− 0.32	0.18
	CD11b (ITGAM)	0.29	***	0.19	***	0.004	0.94	− 0.15	0.55
Natural killer cell	XCL1	0.052	0.293	0.064	0.221	0.068	0.17	0.59	0.13
	CD7	0.192	***	0.041	0.429	0.096	0.053	0.46	*
	KIR3DL1	0.119	0.0162	0.037	0.48	0.019	0.71	0.55	*
Dendritic cell	CD1C (BDCA-1)	− 0.055	0.271	− 0.17	**	− 0.022	0.66	0.41	0.085
	CD141 (THBD)	0.143	**	0.08	0.123	0.016	0.75	0.071	0.77
	CD11c (ITGAX)	0.321	***	0.203	***	0.079	0.11	0.21	0.38

BLCA bladder urothelial carcinoma, Tfh follicular helper T cell, Th T helper cell, Treg regulatory T cell, TAM tumor-associated macrophage.
None, Correlation without adjustment; Purity, correlation conditioned on tumor purity; Tumor, correlation analysis in tumor tissue of TCGA; Normal, correlation analysis in normal tissue of TCGA.
Cor, R value of Pearman’s correlation *p < 0.05; **p < 0.01; ***p < 0.001.

Back to article page

Table 1 Correlation analysis between GARS1 and markers of immune cells in BLCA patients in TIMER2 and GEPIA2.

Search

Quick links