Table 2 Gene communities and their associated genes identified in ARPKD patient samples through network analysis.

From: Pilot study using a discrete mathematical approach for topological analysis and ssGSEA of gene expression in autosomal recessive polycystic kidney disease

Community

Gene symbol (Ensembl ID)

0

KLF12 (ENSG00000118922), RBM3 (ENSG00000102317), SUMF2 (ENSG00000129103), MCHR1 (ENSG00000128285), RGS13 (ENSG00000127074), HOMER2 (ENSG00000103942), LACTB (ENSG00000103642), PUS7L (ENSG00000129317), PMPCB (ENSG00000105819), SUCO (ENSG00000094975), GSTM1 (ENSG00000086189), GLRB (ENSG00000109738), CREBL2 (ENSG00000111269), IL20RA (ENSG00000016402), AP1S1 (ENSG00000106367), HSDL1 (ENSG00000103160), PRPH2 (ENSG00000112619), RCBTB2 (ENSG00000136161), FGF14 (ENSG00000102466), RRAS (ENSG00000126458), PPP2CA (ENSG00000113575), ASPHD2 (ENSG00000128203), DCBLD2 (ENSG00000057019), HLTF (ENSG00000071794), LRRC4B (ENSG00000131409), CUL2 (ENSG00000108094), SKAP2 (ENSG00000005020), PNO1 (ENSG00000115946), MRPL44 (ENSG00000135900), KDM5A (ENSG00000073614), MAG (ENSG00000105695), SORT1 (ENSG00000134243), CSDE1 (ENSG00000009307), EHD3 (ENSG00000013016)

1

CEMIP2 (ENSG00000135048), PGLYRP1 (ENSG00000008438), BAIAP3 (ENSG00000007516), SP100 (ENSG00000067066), TSPAN32 (ENSG00000064201), SLC4A11 (ENSG00000088836), BPIFB9P (ENSG00000125997), CLNK (ENSG00000109684), BCKDK (ENSG00000103507), P3H3 (ENSG00000110811), WIPI1 (ENSG00000070540), TPSD1 (ENSG00000095917), SLC7A9 (ENSG00000021488), SLC8A2 (ENSG00000118160), AQP6 (ENSG00000086159), CAP2 (ENSG00000112186), EBF3 (ENSG00000108001), ADGRE2 (ENSG00000127507), BYSL (ENSG00000112578), UTP18 (ENSG00000011260), TSGA10 (ENSG00000135951), TREM1 (ENSG00000124731), GSKIP (ENSG00000100744), PHF20 (ENSG00000025293), ARFGEF2 (ENSG00000124198), MXD1 (ENSG00000059728), NSFL1C (ENSG00000088833), LSR (ENSG00000105699), DDX39A (ENSG00000123136)

2

APOA1 (ENSG00000118137), KCNIP3 (ENSG00000115041), SLC35F5 (ENSG00000115084), COX6A1 (ENSG00000111775), MCM8 (ENSG00000125885), KHDRBS3 (ENSG00000131773), POLR3H (ENSG00000100413), IFT22 (ENSG00000128581), PLA2G12A (ENSG00000123739), POLQ (ENSG00000051341), CLEC4M (ENSG00000104938), TENM1 (ENSG00000009694), CEP250 (ENSG00000126001), MFSD11 (ENSG00000092931), C22orf23 (ENSG00000128346), GALNT15 (ENSG00000131386), DYNLRB1 (ENSG00000125971), BRD1 (ENSG00000100425), CCNP (ENSG00000105219), PRMT7 (ENSG00000132600), HOXC8 (ENSG00000037965), CDKL5 (ENSG00000008086), G6PC1 (ENSG00000131482), TRHDE (ENSG00000072657), NDC80 (ENSG00000080986), NDUFS7 (ENSG00000115286), TNNT3 (ENSG00000130595), SLC9A2 (ENSG00000115616), DNAAF11 (ENSG00000129295), EHHADH (ENSG00000113790), SMS (ENSG00000102172), CCDC88C (ENSG00000015133), LLGL2 (ENSG00000073350)

  1. Gene communities identified through network analysis in the ARPKD samples were categorized as communities 0, 1, and 2. Each community comprises distinct genes associated with specific biological functions relevant to ARPKD pathology, including cellular regulation, immune responses, and metabolic pathways. The table lists the gene IDs and corresponding proteins within each community, emphasizing their potential roles in ARPKD progression.
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