Table 1 Performances on a testing set of a vanilla neural network, kNN, linear models with different chemical features, TTWOPT and DeepCE with its simpler variants trained with different training sets

Original

Vanilla neural network

PubChem

0.1101

—

—

—

—

ECFP

0.0705

—

—

—

—

Drug-target

0.1076

—

—

—

—

LTIP

0.0770

—

—

—

—

kNN

PubChem

0.0844

—

—

—

—

ECFP

0.1469

—

—

—

—

Drug-target

0.1811

—

—

—

—

LTIP

0.1231

—

—

—

—

High-quality

Vanilla neural network

PubChem

0.3929

1.8413

0.3853

0.2230

0.2622

ECFP

0.4105

1.8218

0.4049

0.2353

0.2690

Drug-target

0.4270

1.8002

0.4098

0.2334

0.2788

LTIP

0.4259

1.7843

0.4168

0.2361

0.2798

Random

0.3129

1.9152

0.3299

0.1729

0.2284

kNN

PubChem

0.3903

1.8464

0.3877

0.2089

0.2606

ECFP

0.3991

1.8264

0.4041

0.2186

0.2639

Drug-target

0.3907

1.8375

0.4105

0.2182

0.2625

LTIP

0.3922

1.8388

0.3959

0.2176

0.2578

Linear Regression

PubChem

0.1762

1.9821

0.2184

0.1220

0.1956

ECFP

0.1770

1.9916

0.2227

0.1232

0.1956

Drug-target

0.1763

1.9768

0.2216

0.1240

0.1957

LTIP

0.1764

1.9769

0.2232

0.1230

0.1956

Lasso

PubChem

0.1761

1.9775

0.2160

0.1203

0.1935

ECFP

0.1770

1.9763

0.2237

0.1198

0.1961

Drug-target

0.1764

1.9764

0.2177

0.1209

0.1935

LTIP

0.1764

1.9764

0.2177

0.1213

0.1916

Ridge Regression

PubChem

0.1762

1.9809

0.2185

0.1220

0.1961

ECFP

0.1770

1.9839

0.2254

0.1236

0.1953

Drug-target

0.1764

1.9764

0.2221

0.1232

0.1956

LTIP

0.1764

1.9762

0.2237

0.1215

0.1953

TT-WOPT

N/A

0.0133

1.9695

0.0121

0.1228

0.1342

Deep CE^−attn

Neural FP

0.4418

1.7738

0.4088

0.2435

0.2827

Deep CE^{−drug−gene attn}

0.4620

1.7418

0.4493

0.2667

0.3088

Deep CE^{−gene−gene attn}

0.4477

1.7711

0.4244

0.2784

0.2961

Deep CE

0.4907

1.6889

0.4656

0.2885

0.3195

Augmented

Vanilla neural network

PubChem

0.4204

1.8140

0.3932

0.2282

0.2736

ECFP

0.4177

1.8102

0.4171

0.2191

0.2783

Drug-target

0.4302

1.8092

0.4263

0.2130

0.2785

LTIP

0.4299

1.7819

0.4237

0.2259

0.2810

kNN

PubChem

0.3973

1.8392

0.3927

0.2023

0.2615

ECFP

0.4121

1.8020

0.4204

0.2202

0.2809

Drug-target

0.4023

1.8072

0.4011

0.2232

0.2794

LTIP

0.4016

1.8223

0.3924

0.2184

0.2650

DeepCE

Neural FP

0.5014

1.6810

0.4735

0.2940

0.3249