Table 1 Results for the 41 genes exclusively identified by MTAR tests in the GLGC analysis.
From: Multi-trait analysis of rare-variant association summary statistics using MTAR
Chr. | Gene | GLGC | UKB Neale v2 | Annotation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Size | MTAR-O | cMTAR | iMTAR | cctP | minP | Size | MTAR-O | |||
1 | COL24A1 | 43 | 2 × 10−7 | 1 × 10−7 | 8 × 10−8 | 7 × 10−5 | 1 × 10−4 | 23 | 5 × 10−1 |  |
1 | MCL1 | 6 | 2 × 10−8 | 3 ×  10−7 | 8 × 10−9 | 1 × 10−5 | 1 × 10−5 |  |  | LDL, HDL |
2 | ASB3|GPR75-ASB3 | 14 | 4 × 10−9 | 1 × 10−4 | 1 × 10−9 | 4 × 10−6 | 4 × 10−6 | 5 | 2 × 10−3 |  |
3 | ITIH3 | 24 | 3 × 10−6 | 8 × 10−6 | 9 × 10−7 | 1 × 10−3 | 2 × 10−3 |  |  | HDL |
3 | STAB1 | 62 | 1 × 10−11 | 1 × 10−11 | 5 × 10−12 | 6 × 10−6 | 7 × 10−6 |  |  | LDL, HDL, TG |
4 | MTTP | 16 | 3 × 10−6 | 1 × 10−6 | 4 × 10−5 | 7 × 10−4 | 7 × 10−4 |  |  | LDL HDL, TG |
4 | PLA2G12A | 2 | 9 × 10−9 | 8 × 10−9 | 5 × 10−9 | 4 × 10−6 | 6 × 10−6 |  |  | HDL, TG |
5 | SPARC | 6 | 3 × 10−6 | 3 × 10−6 | 2 × 10−6 | 3 × 10−4 | 3 × 10−4 | 5 | 2 × 10−3 |  |
6 | C2 | 17 | 6 × 10−10 | 9 × 10−10 | 3 × 10−10 | 2 × 10−5 | 3 × 10−5 | 7 | 1 × 10−3 |  |
6 | C6orf10 | 9 | 1 × 10−6 | 1 × 10−6 | 7 × 10−7 | 9 × 10−5 | 9 × 10−5 |  |  | TG |
6 | HLA-DQB1 | 5 | 5 × 10−8 | 5 × 10−8 | 3 × 10−8 | 4 × 10−4 | 5 × 10−4 |  |  | LDL, TG |
6 | NOTCH4 | 37 | 2 × 10−8 | 5 × 10−4 | 5 × 10−9 | 6 × 10−5 | 8 × 10−5 |  |  | LDL, TG |
6 | ZNF76 | 22 | 8 × 10−7 | 3 × 10−7 | 2 × 10−5 | 2 × 10−3 | 3 × 10−3 |  |  | LDL, HDL, TG |
7 | KIAA1324L | 12 | 2 × 10−8 | 2 × 10−8 | 1 × 10−8 | 3 × 10−5 | 3 × 10−5 |  |  | LDL |
8 | ZNF572 | 15 | 1 × 10−6 | 2 × 10−6 | 5 × 10−7 | 1 × 10−4 | 2 × 10−4 |  |  | LDL, HDL, TG |
11 | CKAP5 | 16 | 5 × 10−6 | 4 × 10−6 | 3 × 10−6 | 7 × 10−4 | 7 × 10−4 |  |  | HDL, TG |
11 | CREB3L1 | 9 | 2 × 10−7 | 2 × 10−7 | 1 × 10−7 | 6 × 10−6 | 6 × 10−6 |  |  | LDL, HDL, TG |
11 | DSCAML1 | 25 | 1 × 10−6 | 2 × 10−6 | 4 × 10−7 | 3 × 10−5 | 3 × 10−5 |  |  | LDL, HDL, TG |
11 | MEN1 | 4 | 4 × 10−6 | 4 × 10−6 | 2 × 10−6 | 5 × 10−5 | 7 × 10−5 |  |  | TG |
11 | NR1H3 | 7 | 4 × 10−7 | 4 × 10−7 | 2 × 10−7 | 3 × 10−5 | 3 × 10−5 |  |  | LDL, HDL, TG |
11 | OR8U1|OR8U8 | 7 | 3 × 10−6 | 3 × 10−6 | 2 × 10−6 | 6 × 10−4 | 1 × 10−3 | 4 | 2 × 10−11 |  |
11 | PLCB3 | 14 | 3 × 10−9 | 3 × 10−9 | 1 × 10−9 | 5 × 10−5 | 8 × 10−5 |  |  | HDL, TG |
11 | PNPLA2 | 14 | 5 × 10−8 | 5 × 10−8 | 3 × 10−8 | 3 × 10−6 | 3 × 10−6 | 5 | 6 × 10−8 |  |
11 | SIDT2 | 21 | 5 × 10−6 | 7 × 10−6 | 3 × 10−6 | 8 × 10−6 | 8 × 10−6 |  |  | LDL, HDL, TG |
11 | TSGA10IP | 15 | 7 × 10−9 | 8 × 10−9 | 3 × 10−9 | 2 × 10−4 | 3 × 10−4 |  |  | HDL, TG |
12 | ACADS | 8 | 4 × 10−6 | 2 × 10−5 | 2 × 10−6 | 4 × 10−6 | 6 × 10−6 |  |  | LDL, HDL |
12 | ACVRL1 | 8 | 5 × 10−6 | 5 × 10−6 | 3 × 10−6 | 6 × 10−4 | 1 × 10−3 | 5 | 2 × 10−2 |  |
12 | C12orf41 | 4 | 1 × 10−6 | 1 × 10−6 | 6 × 10−7 | 8 × 10−5 | 1 × 10−4 | 2 | 3 × 10−2 |  |
12 | CMAS | 3 | 8 × 10−7 | 7 × 10−7 | 4 × 10−7 | 4 × 10−5 | 4 × 10−5 |  |  |  |
12 | SH2B3 | 15 | 2 × 10−6 | 2 × 10−6 | 1 × 10−6 | 5 × 10−5 | 5 × 10−5 |  |  | LDL, HDL, TG |
14 | DDHD1 | 9 | 7 × 10−7 | 6 × 10−7 | 3 × 10−7 | 1 × 10−4 | 2 × 10−4 |  |  |  |
14 | PCK2 | 34 | 2 × 10−6 | 3 × 10−6 | 1 × 10−6 | 4 × 10−4 | 6 × 10−4 |  |  | LDL |
15 | ARRDC4 | 8 | 5 × 10−6 | 5 × 10−6 | 3 × 10−6 | 7 × 10−4 | 2 × 10−3 | 4 | 1 × 10−4 |  |
16 | CFDP1 | 7 | 2 × 10−6 | 1 × 10−6 | 8 × 10−7 | 9 × 10−4 | 1 × 10−3 | 4 | 2 × 10−2 |  |
17 | BECN1 | 4 | 2 × 10−6 | 5 × 10−6 | 1 × 10−6 | 1 × 10−3 | 2 × 10−3 |  |  |  |
17 | GEMIN4 | 35 | 2 × 10−6 | 7 × 10−4 | 5 × 10−7 | 4 × 10−4 | 6 × 10−4 |  |  | HDL |
17 | SHBG | 7 | 3 × 10−6 | 3 × 10−6 | 1 × 10−6 | 5 × 10−6 | 6 × 10−6 |  |  | LDL, TG |
19 | AXL | 11 | 1 × 10−6 | 1 × 10−6 | 7 × 10−7 | 2 × 10−4 | 2 × 10−4 | 3 | 3 × 10−5 |  |
19 | LAIR1 | 13 | 3 × 10−7 | 2 × 10−7 | 1 × 10−7 | 8 × 10−5 | 1 × 10−4 |  |  | LDL, HDL |
19 | LOC55908 | 7 | 8 × 10−10 | 9 × 10−10 | 4 × 10−10 | 9 × 10−6 | 1 × 10−5 |  |  | HDL, TG |
21 | COL18A1 | 44 | 6 × 10−8 | 4 × 10−8 | 4 × 10−8 | 7 × 10−5 | 7 × 10−5 |  |  | TG |
