Table 3 Oligonucleotides used in this study
Oligonucleotide | Sequence (5′-3′) |
|---|---|
pEMPTY derivatives | |
247 | CTGCAGTTGACAAATTGCAGTAGGCATGACAAAATGGACTCACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGGTTTTAGAGCTAGAAATAGCAAGTTAAAATAAGGCTAGTC |
294 | GGCTGCAGTTGACAAATTGCAGTAGGCATGACAAAATGGACTCAGGGAGAAATTTTTCACTTCAAACAAAGGTTTTAGAGCTAGAAATAGCAAG |
E7 | GGCTGCAGTTGACAAATTGCAGTAGGCATGACAAAATGGACTCAAGGTAAAAATTTGACTCCCTTTAGTAGGTTTTAGAGCTAGAAATAGCAAG |
E15 | GGCTGCAGTTGACAAATTGCAGTAGGCATGACAAAATGGACTCATTATTACTTACTTTCCTTTCTATTTGTGTTTTAGAGCTAGAAATAGCAAG |
245 | CCCGGGTTAATTAAGTTGCGCACACCGACTAGCG |
pMAD:: rsaE | |
330 | GACGACGACAAGAGTCTATTTTTGTCGCTGAAGTTG |
332 | CACTTCCCTCTTATTAAAAAAGAACATGTTCATAATATAACATGCTATCTCTAC |
334 | ATGTTCTTTTTTAATAAGAGGGAAGTG |
336 | GAGGAGAAGCCCGGTCCGAAAGCTTGAAAATTGATTTG |
346 | AAATTCCAACCGTCAAATTC |
348 | GATTTAGAAGTATTTAAAGACGAC |
pMAD:: rsaH | |
E1 | GGGGATCCAAACGTTCCCATTGATACAC |
E2 | GGTTTAAGTGTTGTGTTAAAAGATACAATTCAAAAAAAGTTATTGAC |
E3 | CTTTTAACACAACACTTAAACC |
E4 | GGCCATGGTCTGCATTTTCTTTTTGACGC |
E5 | CCGATGACAACTCGTGTACCT |
E6 | AATCTAGCTCATTCTGCTCT |
pMAD:: rsaI | |
E9 | GGCCATGGCTTAATTCCATTACAAAAAGCACC |
E10 | CGCTTACATTTTAAAAAAGATTGTTATGCATAAAATGAAGAAGTCTTC |
E11 | CAATCTTTTTTAAAATGTAAGCG |
E12 | GGGAATTCATAAAAGTCCATGCGTTTAAG |
E13 | TAACGATGGTGGTTCTTCC |
E14 | GTCATATGTTGTGTGTCATC |
pAUR112 derivatives | |
404 | GGAATGGTTACCGGGAATTTGTAATTTGCGTTATTCTTTCCTCTGGATCCTC |
410 | GCCATTTCCATATTTGTCGTTCTCCCACTGATGGGCACTTTCTCGAA |
E50 | TTCGAGAAAGTGCCCATCAGTGGGAGAACGACAAATATGGAAATGGC |
E17 | CCTTTTAAAAGCAGGATTTAG |
E18 | CTAAATCCTGCTTTTAAAAGG |
E19 | ACTTCACTATAACCATCACC |
E20 | GGTGATGGTTATAGTGAAGT |
452 | TGTAGCATGTATTGTGATAGC |
422 | ACATGCTACACCAGGTCGACCATGCAGCTTACTATGCCATTA |
424 | CCATAAATAATCATCCTCCTAAAACTAGTTGCAGAATAAACCCTCCGAT |
382 | ACTAGTTTTAGGAGGATGATTATTTATGG |
129 | TTGAAGCTGATAGGGGAGCCTTAGT |
131 | ACTAAGGCTCCCCTATCAGCTTCAA |
E49 | TGCAGTTGACAAATTGCAGTAGG |
E22 | CCTACTGCAATTTGTCAACTGCAGGTATCGATAAGCTTGATATCG |
E23 | GCTCTAGAACTAGTGGATCCCC |
E24 | GGGGATCCACTAGTTCTAGAGCGGGGATATTATGGTATGAATTTTTC |
E51 | GAGGATCCAGAGGAAAGAATAACGCAAATTACAAATTCCCGGTAACCATTCC |
pMAD::integrase | |
476 | GGAGATCTGTGAGCCAGTTACTGTGTCG |
478 | TGCCAAGATATGCAACAAACTCAATTCAGTTTAGAATTCAACCATCTTTTTTTGTATATTTTTTA |
480 | GAATTCTAAACTGAATTGAGTTTGTTGCATATCTTGGCA |
482 | GGGAATTCACGCCATTAATTCGCCTCTT |
484 | GAAATGGTAAGTTAACAGTAATACC |
486 | GTTTGTAGTTATTACCTCTTGC |
pCN47::icaADBC | |
AU56 | ATGCCTGCAGGTCGACCGAGTAGAAGCATCATCATTACTTGATT |
AU57 | CTGAATTCGAGCTCGGTACCCCACTCCCATTGGCATTTACGA |
Circularization PCR | |
E18 | CTAAATCCTGCTTTTAAAAGG |
E19 | ACTTCACTATAACCATCACC |
OL17 | AACCCTTTACTAAAGCCAT |
OL18 | GTTTACGATACGACTAGAAATC |
