Table 1 The information of 16S rRNA gene primer sets used in samples.
From: A dataset of prokaryotic diversity in the surface layer of the China Seas
Sets | Forward primer sequence | Reverse primer sequence | Hypervariable region(s)* | Samples |
|---|---|---|---|---|
1 | 5′-ACTCCTACGGGAGGCAGCA-3′ | 5′-GGACTACHVGGGTWTCTAAT-3′ | V3-V4 | 70 |
2 | 5′-ACTCCTACGGGAGGCAGCAG-3′ | 5′-GGACTACHVGGGTWTCTAAT-3′ | V3-V4 | 77 |
3 | 5′-ATTAGATACCCNGGTAG-3′ | 5′-CGACAGCCATGCANCACCT-3′ | V5-V6 | 253 |
4 | 5′-CAGCMGCCGCGGTAANWC-3′ | 5′-CCGTCAATTCMTTTRAGTT-3′ | V4-V5 | 8 |
5 | 5′-CCTACGGGNBGCASCAG-3′ | 5′-GACTACNVGGGTATCTAATCC-3′ | V3-V4 | 2 |
6 | 5′-CCTACGGGNGGCWGCAG-3′ | 5′-CCTACGGGNGGCWGCAG-3′ | V3-V4 | 23 |
7 | 5′-CCTACGGGNGGCWGCAG-3′ | 5′-GGACTACHVGGGTATCTAAT-3′ | V3-V4 | 117 |
8 | 5′-CCTAYGGGRBGCASCAG-3′ | 5′-GGACTACNNGGGTATCTAAT-3′ | V3-V4 | 126 |
9 | 5′-GTGCCAGCMGCCGCGG-3′ | 5′-CCGTCAATTCMTTTRAGTTT-3′ | V4-V5 | 19 |
10 | 5′-GTGCCAGCMGCCGCGGTAA-3′ | 5′-CCCCGYCAATTCMTTTRAGT-3′ | V4-V5 | 24 |
11 | 5′-GTGCCAGCMGCCGCGGTAA-3′ | 5′-CCGTCAATTCCTTTGAGTTT-3′ | V4-V5 | 6 |
12 | 5′-GTGCCAGCMGCCGCGGTAA-3′ | 5′-GGACTACHVGGGTWTCTAAT-3′ | V4 | 110 |
13 | 5′-GTGCCAGCMGCCGCGGTAA-3′ | 5′-GGACTACNNGGGTATCTAAT-3′ | V4 | 100 |
14 | 5′-GTGYCAGCMGCCGCGGTAA-3′ | 5′-CCGYCAATTYMTTTRAGTTT-3′ | V4-V5 | 161 |
15 | 5′-GTGYCAGCMGCCGCGGTAA-3′ | 5′-GGACTACNVGGGTWTCTAAT-3′ | V4 | 28 |
16 | 5′-TACGGRAGGCAGCAG-3′ | 5′-AGGGTATCTAATCCT-3′ | V3-V4 | 27 |
