Table 1 Listing of the rare variants (MAF < 0.001) in the selected genes found in our cohort.

From: Exome sequencing of a Portuguese cohort of early-onset Alzheimer’s disease implicates the X-linked lysosomal gene GLA

Gene

Genomic position (hg19)

Zigosity

Transcript

Variant

Pt

rsID

gnomAD*

CADD PHRED

PROVEAN

SIFT

Polyphen2

Mutation Taster

Additional variant

NOTCH3

19:15271601T > C

Het

ENST00000263388.2

p.Met2280Val

2, 70

rs570409038

0.00003880

12.23

-0.83 (N)

0.554 (T)

0.000 (B)

0.9998 (P)

 

NOTCH3

19:15271738 C > T

Het

ENST00000263388.2

p.Arg2234His

29

rs750631177

0.000009877

18.33

2.96 (N)

0.229 (T)

0.002 (B)

0.949 (P)

 

NOTCH3

19:15276310 C > A

Het

ENST00000263388.2

p.Arg1895Leu

35, 77

rs369768722

0.000007775

32

-6.51 (D)

0.003 (D)

1.000 (D)

1.000 (D)

 

NOTCH3

19:15290214 C > T

Het

ENST00000263388.2

p.Val1141Met

15, 90

rs373181668

0.00006969

25.3

-2.09 (N)

0.003 (D)

1.000 (D)

1.000 (D)

 

NOTCH3

19:15296371G > T

Het

ENST00000263388.2

p.Leu691Ile

5

rs770280795

0.00001552

20.1

-0.89 (N)

0.391 (T)

0.389 (B)

0.970 (P)

 

NOTCH3

19: 15,303,308

C > T

Het

ENST00000263388.2

p.Glu74Lys

12

rs1439473554

0.000

24.0

-1.86 (N)

0.154 (T)

0.932 (D)

0.937 (P)

 

COL4A2

13:111109762

G > A

Het

ENST00000360467.5

Arg471His

50

rs372173405

0.0001095

22.0

-2.55 (D)

0.115 (T)

0.998 (D)

1.000 (P)

HTRA1 Val433Ile

COL4A2

13:111164315

C > T

Het

ENST00000360467.5

Ser1639Leu

80, 99

rs77786415

0.0002760

24.3

-5.09 (D)

0.000 (D)

0.964 (D)

1.000 (D)

 

COL4A2

13:111164323

T > C

Het

ENST00000360467.5

Ser1642Pro

8

-

0.000

25.4

-4.87 (D)

0.000 (D)

1.000 (D)

1.000 (D)

 

COL4A2

13:110960254

G > C

Het

ENST00000360467.5

Gly2Arg

96

rs752976373

0.00002691

15.17

-0.88 (N)

0.026 (T)

0.610 (D)

1.000 (P)

 

GLA

X:100,658,816

G > A

Hemi

ENST00000360467.5

Arg118Cys

19, 87, 94

rs148158093

0.0004429

24.6

-4.67 (D)

0.001 (D)

Pr1.000 (D)

0.64791 (P)

 

HTRA1

124273729G > A

Het

ENST00000368984.3

Val433Ile

50

rs751200867

0.00002322

19.61

-0.40 (N)

0.492 (T)

0.092 (B)

1.000 (D)

COL4A2 Arg471His

  1. * gnomAD MAFs correspond to non-Finnish Europeans.
  2. Abbreviations: Pt: Patient; Het: heterozygous; rs: reference SNP; MAF: Minor Allele Frequency; gnomAD: Genome Aggregation Database; CADD: Combined Annotation Dependent Depletion; PROVEAN: Protein Variation Effect analyzer; SIFT: Scale-Invariant Feature Transform; Variants’ pathogenicity was classified according to each tools’ scores and cut-offs: N: Neutral (PROVEAN); T: Tolerated (SIFT); B: Benign (Polyphen 2); D: Deleterious (SIFT, PROVEAN)/Probably Damaging (Polyphen 2)/Disease Causing (Mutation Taster); P: Polymorphism (Mutation Taster).
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